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- PDB-1kmt: Crystal structure of RhoGDI Glu(154,155)Ala mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kmt
タイトルCrystal structure of RhoGDI Glu(154,155)Ala mutant
要素Rho GDP-dissociation inhibitor 1
キーワードPROTEIN BINDING / IMMUNOGLOBULIN FOLD / BETA SANDWICH MOTIF / ISOPRENYL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of synaptic vesicle cycle / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction ...Rho GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of synaptic vesicle cycle / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction / immunological synapse / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of protein localization / cytoskeleton / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1 / Rho protein GDP-dissociation inhibitor / Rho GDP-dissociation inhibitor domain superfamily / RHO protein GDP dissociation inhibitor / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GDP-dissociation inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Mateja, A. / Devedjiev, Y. / Krowarsh, D. / Longenecker, K. / Dauter, Z. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The impact of Glu-->Ala and Glu-->Asp mutations on the crystallization properties of RhoGDI: the structure of RhoGDI at 1.3 A resolution.
著者: Mateja, A. / Devedjiev, Y. / Krowarsch, D. / Longenecker, K. / Dauter, Z. / Otlewski, J. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2001年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho GDP-dissociation inhibitor 1
B: Rho GDP-dissociation inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9632
ポリマ－31,9632
非ポリマー00
水10,665592
1
A: Rho GDP-dissociation inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9811
ポリマ－15,9811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rho GDP-dissociation inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9811
ポリマ－15,9811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.099, 35.921, 67.506
Angle α, β, γ (deg.)79.19, 82.66, 76.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biologically relevant portion is thought to be a monomer

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要素

#1: タンパク質 Rho GDP-dissociation inhibitor 1 / Rho GDI 1 / Rho-GDI alpha


分子量: 15981.298 Da / 分子数: 2 / 変異: E154A, E155A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52565
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Tris-HCl, Lithium sulfate, methylpentane diol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
124 %PEG40001reservoir
2100 mMTris1reservoirpH8.5
3200 mM1reservoirLiSO4
42.5 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月21日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→25 Å / Num. all: 75214 / Num. obs: 75214 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.021 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / Num. unique all: 4629 / Rsym value: 0.143 / % possible all: 55
反射
*PLUS
% possible obs: 89 % / Num. measured all: 147519 / Rmerge(I) obs: 0.021
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.457 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19532 3451 4.9 %RANDOM
Rwork0.15778 ---
obs0.15962 66305 93.04 %-
all-69756 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.846 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.01 Å2-0.01 Å2
2---0.02 Å2-0.01 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4396 0 0 592 4988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2121.9593036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87534770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0813274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02715420
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3160.3406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.31910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.5801
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3190.559
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.57921370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6432218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4052876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9473818
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.57822246
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.2812622
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.39622196
LS精密化 シェル最高解像度: 1.3 Å / Rfactor Rfree: 0.204 / Rfactor Rwork: 0.188 / Total num. of bins used: 20
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.195 / Rfactor Rwork: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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