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- PDB-1kmf: NMR STRUCTURE OF HUMAN INSULIN MUTANT ILE-A2-ALLO-ILE, HIS-B10-AS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kmf
タイトルNMR STRUCTURE OF HUMAN INSULIN MUTANT ILE-A2-ALLO-ILE, HIS-B10-ASP, PRO-B28-LYS, LYS-B29-PRO, 15 STRUCTURES
要素(Insulin) x 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Hormone / Human insulin / Mutant / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / regulation of amino acid metabolic process / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / negative regulation of gluconeogenesis / fatty acid homeostasis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / COPI-mediated anterograde transport / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / activation of protein kinase B activity / transport vesicle / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / NPAS4 regulates expression of target genes / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of cytokine production / endosome lumen / acute-phase response / negative regulation of proteolysis / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / insulin receptor binding / regulation of transmembrane transporter activity / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / cognition / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / vasodilation / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protease binding / secretory granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing
データ登録者Xu, B. / Hua, Q.X. / Nakagawa, S.H. / Jia, W. / Chu, Y.C. / Katsoyannis, P.G. / Weiss, M.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Chiral mutagenesis of insulin's hidden receptor-binding surface: structure of an allo-isoleucine(A2) analogue.
著者: Xu, B. / Hua, Q.X. / Nakagawa, S.H. / Jia, W. / Chu, Y.C. / Katsoyannis, P.G. / Weiss, M.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Critical Role of the A2 Amino Acid Residue in the Biological Activity of Insulin: [2-Glycine-A]- and [2-Alanine-A]insulins
著者: Kitagawa, K. / Ogawa, H. / Burke, G.T. / Chanley, J.D. / Katsoyannis, P.G.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Importance of Aliphatic Side-Chain Structure at Positions 2 and 3 of the Insulin A Chain in Insulin-Receptor Interactions
著者: Nakagawa, S.H. / Tager, H.S.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Mapping the Functional Surface of Insulin by Design: Structure and Function of a Novel A-Chain Analogue
著者: Hua, Q.X. / Hu, S.Q. / Frank, B.H. / Jia, W. / Chu, Y.C. / Wang, S.H. / Burke, G.T. / Katsoyannis, P.G. / Weiss, M.A.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: A Cavity-Forming Mutation in Insulin Induces Segmental Unfolding of a Surrounding alpha-Helix
著者: Xu, B. / Hua, Q.X. / Nakagawa, S.H. / Jia, W. / Chu, Y.C. / Katsoyannis, P.G. / Weiss, M.A.
履歴
登録2001年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7952
ポリマ－5,7952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 変異: I2(IIL) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 3410.894 Da / 分子数: 1 / 変異: H10D, P28K, K29P / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P01308
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
2312D NOESY
241DQF-COSY
2522D NOESY
262DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM Allo-Ile-A2-DKP-insulin; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.2 mM Allo-Ile-A2-DKP-insulin; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17ambient 298 K
27.6ambient 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DGIIInsightII 2000Molecular Simulations Inc.精密化
X-PLOR3.85Brunger精密化
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 599 restraints, 542 are NOE-derived distance constraints, 38 dihedral angle restraints, 19 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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