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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1km9 | |||||||||
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タイトル | The Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocyte of Rana Catesbeiana (Bullfrog) | |||||||||
![]() | RIBONUCLEASE, OOCYTES | |||||||||
![]() | HYDROLASE / RC-RNase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / carbohydrate binding / angiogenesis / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rana catesbeiana (カエル) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chern, S.-S. / Musayev, F.N. / Amiraslanov, I.R. / Liao, Y.-D. / Liaw, Y.-C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocyte of Rana Catesbeiana (Bullfrog) 著者: Chern, S.-S. / Musayev, F.N. / Amiraslanov, I.R. / Liao, Y.-D. / Liaw, Y.-C. #1: ![]() タイトル: The Secondary Structure of a Pyrimidine-Guanine Sequence-Specific Ribonuclease Possessing Cytotoxic Activity From the Oocytes of Rana Catesbeiana 著者: Chen, C. / Hom, K. / Huang, R.F. / Chou, P.J. / Liao, Y.D. / Huang, T. #2: ![]() タイトル: The Solution Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocytes of Rana catesbeiana (bullfrog) 著者: Chang, C.F. / Chen, C. / Chen, Y.C. / Hom, K. / F Huang, R. / Huang, T.H. #3: ![]() タイトル: The Rana catesbeiana rcr gene encoding a cytotoxic ribonuclease : Tissue distribution, cloning, purification, cytotoxicity, and active residues for RNase activity 著者: Huang, H.C. / Wang, S.C. / Leu, Y.J. / Lu, S.C. / Liao, Y.D. #4: ![]() タイトル: Purification and cloning of cytotoxic ribonucleases from Rana catesbeiana (bullfrog) 著者: Liao, Y.D. / Huang, H.C. / Leu, Y.J. / Wei, C.W. / C Tang, P. / Wang, S.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12459.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: oocytes / 由来: (天然) Rana catesbeiana (カエル) / 参照: UniProt: P11916, EC: 3.1.27.5 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, ammonium phosphate, NaOAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 115 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→24.36 Å / Num. all: 8085 / Num. obs: 8085 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.62 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Limit h max: 20 / Limit h min: 0 / Limit k max: 23 / Limit k min: 0 / Limit l max: 29 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 599537.23 / Observed criterion F min: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 7.06 / Num. unique all: 402 / % possible all: 91.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RCA 解像度: 1.96→24.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 47.953 Å2 / ksol: 0.309465 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.72 Å2 / Biso mean: 29.53 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→24.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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