PDB-1klx: Helicobacter pylori cysteine rich protein B (hcpB)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1klx

タイトル

Helicobacter pylori cysteine rich protein B (hcpB)

要素

Cysteine Rich Protein B

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / helix-turn-helix / right handed super helix / modular structure'

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Luethy, L. / Gruetter, M.G. / Mittl, P.R.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of Helicobacter pylori cysteine-rich protein B reveals a novel fold for a penicillin-binding protein.
著者: Luthy, L. / Grutter, M.G. / Mittl, P.R.

履歴

登録	2001年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1klx.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1klx.ent.gz	29.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1klx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1klx_validation.pdf.gz	425 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1klx_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	1klx_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	1klx_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/1klx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/1klx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7k95-d 5nb9-d 2f1x-1 4cih-4 1w70-d 3chm-d 1x23-3 2f1x-2 6s3y-8 6thj-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine Rich Protein B

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.360, 51.360, 205.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Cysteine Rich Protein B 分子量: 15367.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP0336 / プラスミド: pTFT74 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25103
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3
詳細: PEG 8000, sodium citrate, pH 3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 5.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	4.4 mg/ml	protein	1	drop
2	40 mM	sodium acetate	1	drop
3	1 mM	EDTA	1	drop	pH5.5
4	25 %	PEG8000	1	reservoir
5	0.1 M	sodium citrate	1	reservoir	pH3.0

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	BM14	1	0.9791, 0.9794, 0.8856
シンクロトロン	ESRF	ID14-3	2	0.933

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9794	1
3	0.8856	1
4	0.933	1

反射

解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 12606 / Num. obs: 12049 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / % possible all: 95.6

反射

*PLUS

最低解像度: 30 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.054

反射シェル

*PLUS

最低解像度: 2 Å / % possible obs: 49.8 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / SU B: 3.738 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.164

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23844	1239	10.28 %	RANDOM
R_work	0.18672	-	-	-
obs	0.19232	12049	95.58 %	-
all	-	12606	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.926 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1029	0	0	189	1218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.04	0.022	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.438	1.988	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.741	3	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.891	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.225	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.3	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.5	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.3	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.043	1.5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.344	2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.829	3	397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.609	4.5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.238	62
R_work	0.199	730

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_free: 0.2384 / R_factor R_work: 0.1867

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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