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- PDB-1klu: Crystal structure of HLA-DR1/TPI(23-37) complexed with staphyloco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1klu
タイトルCrystal structure of HLA-DR1/TPI(23-37) complexed with staphylococcal enterotoxin C3 variant 3B2 (SEC3-3B2)
要素
  • ENTEROTOXIN TYPE C-3
  • HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
  • HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR-1 BETA CHAIN
  • Triosephosphate isomerase peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / HLA-DR1/TPI / enterotoxin C3 / human melanoma antigen / CD4+ T cells / IMMUNE SYSTEM-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation ...methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / Gluconeogenesis / CD4 receptor binding / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / glycolytic process / gluconeogenesis / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / positive regulation of protein phosphorylation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / toxin activity / early endosome membrane / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Enterotoxin / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Aldolase-type TIM barrel / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Enterotoxin type C-3 / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Sundberg, E.J. / Sawicki, M.W. / Andersen, P.S. / Sidney, J. / Sette, A. / Mariuzza, R.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Minor structural changes in a mutated human melanoma antigen correspond to dramatically enhanced stimulation of a CD4+ tumor-infiltrating lymphocyte line.
著者: Sundberg, E.J. / Sawicki, M.W. / Southwood, S. / Andersen, P.S. / Sette, A. / Mariuzza, R.A.
#1: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 1999
タイトル: Biochemical identification of a mutated human melanoma antigen recognized by CD4+ T cells
著者: Pieper, R. / Christian, R.E. / Gonzales, M.I. / Nishimura, M.I. / Gupta, G. / Settlage, R.E. / Shabanowitz, J. / Rosenberg, S.A. / Hunt, D.F. / Topalian, S.L.
履歴
登録2001年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN
B: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR-1 BETA CHAIN
C: Triosephosphate isomerase peptide
D: ENTEROTOXIN TYPE C-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0564
ポリマ－72,0564
非ポリマー00
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.296, 171.296, 121.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN / HLA-DR1 alpha subunit / hla-dr antigen alpha chain


分子量: 20784.455 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 29-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR-1 BETA CHAIN / HLA-DR1 beta subunit / HLA-DR beta 1 chain


分子量: 22080.664 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Triosephosphate isomerase peptide


分子量: 1469.659 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-37 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 参照: UniProt: P60174*PLUS
#4: タンパク質 ENTEROTOXIN TYPE C-3 / enterotoxin C3 / SEC3


分子量: 27721.068 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 29-266 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Variant: 3B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0L5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 4000, sodium acetate, ethylene glycol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoirpH5.2
310 %(w/v)ethylene glycol1reservoir
42-4 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→100 Å / Num. all: 99361 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 7.8 Å2 / Rsym value: 0.095
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. obs: 99361 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 311680 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.93 Å / 最低解像度: 1.96 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 1.93→14.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 152684.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 4246 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 83852 84.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6737 Å2 / ksol: 0.37004 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å22.25 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→14.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5010 0 0 405 5415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 521 5.3 %
Rwork0.238 9277 -
obs--59.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 4240 / % reflection Rfree: 4.3 % / Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.519
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.96 Å / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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