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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kkx | ||||||
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タイトル | Solution structure of the DNA-binding domain of ADR6 | ||||||
![]() | Transcription regulatory protein ADR6 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / ARID / ADR6 / DNA-binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain. 著者: Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. #1: ![]() タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain 著者: Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. #2: ![]() タイトル: Expression and purification of a recombinant DNA-binding domain of ADR6 protein from Escherichia coli and its secondary structure characterization 著者: Tu, X. / Xiao, Y. / Zeng, W. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 346.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 283.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 346.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 492.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1kn5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14566.800 Da / 分子数: 1 / 断片: ARID domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: adr6 / プラスミド: pREP-4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1mM ADR6 ARID domain U-15N, U-13C, 50mM phosphate buffer at pH4.9, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50mM phosphate buffer / pH: 4.9 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: v 1.0 / 開発者: A.T. Brunger / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |