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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kks | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the histone mRNA hairpin required for cell cycle regulation of histone gene expression | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / RNA HAIRPIN / HISTONE mRNA / RNA PROCESSING | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / Molecular Dynamics, Simulated Annealing | ![]() Zanier, K. / Luyten, I. / Crombie, C. / Muller, B. / Schuemperli, D. / Linge, J.P. / Nilges, M. / Sattler, M. | ![]() ![]() タイトル: Structure of the histone mRNA hairpin required for cell cycle regulation of histone gene expression. 著者: Zanier, K. / Luyten, I. / Crombie, C. / Muller, B. / Schumperli, D. / Linge, J.P. / Nilges, M. / Sattler, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7659.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence comes from the Histone H4-12 gene of Mus musculus. In vitro transcription using T7 RNA polymerase. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using standard heteronuclear triple resonance experiments |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Molecular Dynamics, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are calculated with 451 distance restraints, 23 hydrogen bond restraints and 158 torsion angle restraints. The structures were calculated in ARIA/CNS and refined using AMBER. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |