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万見
- PDB-1kks: Structure of the histone mRNA hairpin required for cell cycle reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kks
タイトルStructure of the histone mRNA hairpin required for cell cycle regulation of histone gene expression
要素5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'
キーワードRNA / RNA HAIRPIN / HISTONE mRNA / RNA PROCESSING
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Molecular Dynamics, Simulated Annealing
データ登録者Zanier, K. / Luyten, I. / Crombie, C. / Muller, B. / Schuemperli, D. / Linge, J.P. / Nilges, M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2002
タイトル: Structure of the histone mRNA hairpin required for cell cycle regulation of histone gene expression.
著者: Zanier, K. / Luyten, I. / Crombie, C. / Muller, B. / Schumperli, D. / Linge, J.P. / Nilges, M. / Sattler, M.
履歴
登録2001年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6601
ポリマ－7,6601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #8lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*AP*GP*GP*CP*CP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3'


分子量: 7659.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence comes from the Histone H4-12 gene of Mus musculus. In vitro transcription using T7 RNA polymerase.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C HMQC-NOESY
1213D (H)CCH-E.COSY
1313D HCC-TOCSY-CCH-E.COSY
141spin echo difference CT-HSQC
252HNN-COSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard heteronuclear triple resonance experiments

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-15N/13C 24mer RNA100% D2O
21 mM U-15N 24mer RNA10% D2O / 90% H2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA 6ambient 298 K
210 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA 6ambient 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker, Germanycollection
NMRPipe1.8Delaglio et al.解析
XEASY1.2Bartels et al.データ解析
ARIA/CNS1Linge, Nilges構造決定
Amber6Case et al.精密化
精密化手法: Molecular Dynamics, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are calculated with 451 distance restraints, 23 hydrogen bond restraints and 158 torsion angle restraints. The structures were calculated in ARIA/CNS and refined using AMBER.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, ...コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum, structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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