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万見
- PDB-1kko: CRYSTAL STRUCTURE OF CITROBACTER AMALONATICUS METHYLASPARTATE AMM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kko
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CITROBACTER AMALONATICUS METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE
要素3-METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE
キーワードLYASE / Methylaspartate ammonia lyase / Enolase superfamily / Tim barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


methylaspartate ammonia-lyase / methylaspartate ammonia-lyase activity / L-glutamate catabolic process via L-citramalate / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylaspartate ammonia-lyase / Methylaspartate ammonia-lyase, C-terminal / Methylaspartate ammonia-lyase, N-terminal / Methylaspartate ammonia-lyase N-terminus / Methylaspartate ammonia-lyase C-terminus / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 ...Methylaspartate ammonia-lyase / Methylaspartate ammonia-lyase, C-terminal / Methylaspartate ammonia-lyase, N-terminal / Methylaspartate ammonia-lyase N-terminus / Methylaspartate ammonia-lyase C-terminus / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylaspartate ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter amalonaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Levy, C.W. / Buckley, P.A. / Sedelnikova, S. / Kato, Y. / Asano, Y. / Rice, D.W. / Baker, P.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Insights into enzyme evolution revealed by the structure of methylaspartate ammonia lyase.
著者: Levy, C.W. / Buckley, P.A. / Sedelnikova, S. / Kato, Y. / Asano, Y. / Rice, D.W. / Baker, P.J.
履歴
登録2001年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE
B: 3-METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0763
ポリマ－91,9802
非ポリマー961
水39,6872203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.339, 237.362, 65.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3194-

HOH

21B-456-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE


分子量: 45989.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter amalonaticus (バクテリア)
遺伝子: MAL / プラスミド: PMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: O66145, methylaspartate ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: potassium phosphate, ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
詳細: Levy, C.W., (2001) Acta Crystallogr., D57, 1922.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
113 mg/mlprotein1drop
20.1 Mpotassium phosphate1reservoirpH8.0
332 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97963,0.97946,0.96863
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年10月30日
ADSC QUANTUM 42CCD1999年10月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979631
20.979461
30.968631
反射解像度: 1.3→119 Å / Num. all: 245233 / Num. obs: 245233 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.33→1.36 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.33 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→119.52 Å / SU B: 1.849 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19083 11797 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 222972 95.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→119.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6322 0 5 2203 8530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.0110.798
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.41.308
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.916
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.913
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.174 / Rfactor Rfree: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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