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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kjj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glycniamide ribonucleotide transformylase in complex with Mg-ATP-gamma-S | ||||||
要素 | phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ATP-grasp / purine biosynthesis / nucleotide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 activity / acetate kinase activity / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ligase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Thoden, J.B. / Firestine, S.M. / Benkovic, S.J. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: PurT-encoded glycinamide ribonucleotide transformylase. Accommodation of adenosine nucleotide analogs within the active site. 著者: Thoden, J.B. / Firestine, S.M. / Benkovic, S.J. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kjj.cif.gz | 179.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kjj.ent.gz | 138.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kjj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kjj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kjj_validation.xml.gz | 40.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kjj_validation.cif.gz | 59.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/1kjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/1kjj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42349.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PURT / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P33221, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; HOCH2-ヒドロキシメチル基またはHCO-ホルミル基を移すもの |
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-非ポリマー , 6種, 683分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MPO / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 6.7 詳細: PEG 5000, NaCl, MgCl2, MOPS, ATP-gamma-S, pH 6.7, batch at 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年11月6日 / 詳細: goebel optics |
放射 | モノクロメーター: goebel optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 82695 / Num. obs: 82695 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.87 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 9407 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % / Num. unique obs: 9407 / Rmerge(I) obs: 0.215 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1EYZ 解像度: 1.75→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.233 / Rfactor Rwork: 0.184 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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