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- PDB-1kj4: SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kj4
タイトルSUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES
要素
  • POL polyprotein
  • gag polyprotein
キーワードHYDROLASE / MARIX-CAPSID / SUBSTRATE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Gag-Pol polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
著者: Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2001年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POL polyprotein
B: POL polyprotein
C: POL polyprotein
D: POL polyprotein
P: gag polyprotein
S: gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,23418
ポリマ－45,5266
非ポリマー70912
水77543
1
A: POL polyprotein
B: POL polyprotein
P: gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,17610
ポリマ－22,7633
非ポリマー4137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9430 Å2
手法PISA
2
C: POL polyprotein
D: POL polyprotein
S: gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0588
ポリマ－22,7633
非ポリマー2955
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9020 Å2
手法PISA
3
A: POL polyprotein
B: POL polyprotein
C: POL polyprotein
D: POL polyprotein
P: gag polyprotein
S: gag polyprotein
ヘテロ分子

A: POL polyprotein
B: POL polyprotein
C: POL polyprotein
D: POL polyprotein
P: gag polyprotein
S: gag polyprotein
ヘテロ分子

A: POL polyprotein
B: POL polyprotein
C: POL polyprotein
D: POL polyprotein
P: gag polyprotein
S: gag polyprotein
ヘテロ分子

A: POL polyprotein
B: POL polyprotein
C: POL polyprotein
D: POL polyprotein
P: gag polyprotein
S: gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,93772
ポリマ－182,10324
非ポリマー2,83448
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area67200 Å2
ΔGint-359 kcal/mol
Surface area54860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.651, 93.808, 118.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細THE ENTIRE BIOLOGICAL DIMER ALONG WITH THE SUBSTRATE PEPTIDE BOUND IN THE ACTIVE SITE ARE PROVIDED IN THIS COORDINATE FILE

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要素

#1: タンパク質
POL polyprotein


分子量: 10800.777 Da / 分子数: 4 / 断片: HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 / 変異: D25N,Q7K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド gag polyprotein


分子量: 1161.264 Da / 分子数: 2 / 断片: MATRIX-CAPSID SUBSTRATE PEPTIDE, RESIDUES 127-136 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P20875
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.88 Å / Num. all: 12376 / Num. obs: 12376 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 4.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a


解像度: 2.9→38.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 64173.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1031 10.4 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 12376 85.6 %-
all-12376 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.2161 Å2 / ksol: 0.341402 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.76 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3079 0 48 43 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACE.PARAMACE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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