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- PDB-1kiu: FimH adhesin Q133N mutant-FimC chaperone complex with methyl-alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kiu
タイトルFimH adhesin Q133N mutant-FimC chaperone complex with methyl-alpha-D-mannose
要素
  • CHAPERONE PROTEIN FimC
  • FimH PROTEIN
キーワードCHAPERONE/CELL ADHESION / adhesin-chaperone complex / mannose-bound / CHAPERONE-CELL ADHESION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization ...pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Chaperone protein FimC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hung, C.S. / Bouckaert, J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2002
タイトル: Structural basis of tropism of Escherichia coli to the bladder during urinary tract infection.
著者: Hung, C.S. / Bouckaert, J. / Hung, D. / Pinkner, J. / Widberg, C. / DeFusco, A. / Auguste, C.G. / Strouse, R. / Langermann, S. / Waksman, G. / Hultgren, S.J.
履歴
登録2001年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CHAPERONE PROTEIN FimC
B: FimH PROTEIN
C: CHAPERONE PROTEIN FimC
D: FimH PROTEIN
E: CHAPERONE PROTEIN FimC
F: FimH PROTEIN
G: CHAPERONE PROTEIN FimC
H: FimH PROTEIN
I: CHAPERONE PROTEIN FimC
J: FimH PROTEIN
K: CHAPERONE PROTEIN FimC
L: FimH PROTEIN
M: CHAPERONE PROTEIN FimC
N: FimH PROTEIN
O: CHAPERONE PROTEIN FimC
P: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,88424
ポリマ－414,33116
非ポリマー1,5538
水6,792377
1
A: CHAPERONE PROTEIN FimC
B: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
2
C: CHAPERONE PROTEIN FimC
D: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
3
E: CHAPERONE PROTEIN FimC
F: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
4
G: CHAPERONE PROTEIN FimC
H: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22550 Å2
手法PISA
5
I: CHAPERONE PROTEIN FimC
J: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
6
K: CHAPERONE PROTEIN FimC
L: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
7
M: CHAPERONE PROTEIN FimC
N: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
8
O: CHAPERONE PROTEIN FimC
P: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9863
ポリマ－51,7912
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
9
C: CHAPERONE PROTEIN FimC
D: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

C: CHAPERONE PROTEIN FimC
D: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

I: CHAPERONE PROTEIN FimC
J: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

I: CHAPERONE PROTEIN FimC
J: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,94212
ポリマ－207,1658
非ポリマー7774
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_547-x+1/2,y-1/2,-z+21
Buried area21390 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area80610 Å2
手法PISA
10
A: CHAPERONE PROTEIN FimC
B: FimH PROTEIN
O: CHAPERONE PROTEIN FimC
P: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

G: CHAPERONE PROTEIN FimC
H: FimH PROTEIN
K: CHAPERONE PROTEIN FimC
L: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,94212
ポリマ－207,1658
非ポリマー7774
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area21320 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area80640 Å2
手法PISA
11
E: CHAPERONE PROTEIN FimC
F: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

E: CHAPERONE PROTEIN FimC
F: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

M: CHAPERONE PROTEIN FimC
N: FimH PROTEIN
ヘテロ分子

M: CHAPERONE PROTEIN FimC
N: FimH PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,94212
ポリマ－207,1658
非ポリマー7774
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_656-x+3/2,y+1/2,-z+11
Buried area21310 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area80680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.349, 138.334, 213.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
CHAPERONE PROTEIN FimC / FimC chaperone


分子量: 22724.049 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimC / プラスミド: pMMB60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質
FimH PROTEIN / FimH adhesin


分子量: 29067.287 Da / 分子数: 8 / Mutation: Q133N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimH / プラスミド: pMMB60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: P08191
#3: 糖
ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: ammonium sulphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14.7 mg/mlprotein1drop
210 mMmethyl-alpha-D-mannopyranoside1reservoir
30.6 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月20日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→44.46 Å / Num. all: 71767 / Num. obs: 72289 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 63.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 87
反射
*PLUS
最低解像度: 45 Å / % possible obs: 87.1 % / Num. measured all: 197848
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.11 Å / % possible obs: 65.9 % / Rmerge(I) obs: 0.51

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 7267 10.1 %random
Rwork0.236 ---
all0.236 80000 --
obs0.278 71767 89.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 56.0908 Å2 / ksol: 0.317169 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.97 Å2--
2---4.16 Å2-
3---7.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29160 0 104 377 29641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
Refine LS restraints NCSNCS model details: restrained / Weight Biso : 10 / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 1209 10.4 %
Rwork0.337 10386 -
obs-71767 87 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 45 Å / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0079
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.39 / Rfactor Rwork: 0.36 / Rfactor obs: 0.36

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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