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- PDB-1kis: TAR-TAR "KISSING" HAIRPIN COMPLEX DERIVED FROM THE HIV GENOME, NM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kis
タイトルTAR-TAR "KISSING" HAIRPIN COMPLEX DERIVED FROM THE HIV GENOME, NMR, 1 STRUCTURE
要素
  • RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
キーワードRNA / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chang, K.Y. / Tinoco Jr, I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The structure of an RNA "kissing" hairpin complex of the HIV TAR hairpin loop and its complement.
著者: Chang, K.Y. / Tinoco Jr., I.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Characterization of a "Kissing" Hairpin Complex Derived from the Human Immunodeficiency Virus Genome
著者: Chang, K.Y. / Tinoco Jr, I.
履歴
登録1997年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / entity / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _entity.details / _entity.pdbx_fragment / _ndb_struct_conf_na.feature / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_refine.details / _pdbx_nmr_refine.method / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2412
ポリマ－10,2412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area850 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 17structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3')


分子量: 5168.135 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION RESPONSE (TAR) REGION / 由来タイプ: 合成
詳細: THE OLIGONUCLEOTIDES WERE SYNTHESIZED ENZYMATICALLY.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*GP*UP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 5073.071 Da / 分子数: 1 / 断片: COMPLEMENTARY LOOP SEQUENCE (TAR*) REGION / 由来タイプ: 合成
詳細: THE OLIGONUCLEOTIDES WERE SYNTHESIZED ENZYMATICALLY.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE OMEGAGEOMEGA5001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: simulated annealing-restrained molecular dynamics protocol followed by an energy minimization step
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 17 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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