PDB-1kh0: Accurate Computer Base Design of a New Backbone Conformation in t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kh0

タイトル

Accurate Computer Base Design of a New Backbone Conformation in the Second Turn of Protein L

要素

protein L

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein L B1 domain / computational based protein design / Type 1' beta turn / extensive amino acid mutations.

機能・相同性

機能・相同性情報

molecular adaptor activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Finegoldia magna (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

O'Neill, J.W. / Kuhlman, B. / Kim, D.E. / Zhang, K.Y. / Baker, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Accurate computer-based design of a new backbone conformation in the second turn of protein L.
著者: Kuhlman, B. / O'Neill, J.W. / Kim, D.E. / Zhang, K.Y. / Baker, D.

履歴

登録	2001年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年8月16日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kh0.cif.gz	37.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kh0.ent.gz	26 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1kh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/1kh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hz6S 1hz5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3llh-1 6j2w-d 3i5l-d 1hz6-2 1ecu-d 2k9r-d 3vfz-1 1hz6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: protein L

B: protein L

14.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: protein L

登録者が定義した集合体
7.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: protein L

登録者が定義した集合体
7.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.622, 55.542, 67.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	protein L 分子量: 7124.085 Da / 分子数: 2 / 断片: B1 DOMAIN (RESIDUES 111-173) 変異: F26K, T30L, A33V, Y34L, Y47W, V49I, A54T, D55N, K56G, G57B, Y58I, T59I 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51912
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

protein L

分子量: 7124.085 Da / 分子数: 2 / 断片: B1 DOMAIN (RESIDUES 111-173)
変異: F26K, T30L, A33V, Y34L, Y47W, V49I, A54T, D55N, K56G, G57B, Y58I, T59I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51912

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.74 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M Sodium Citrate, 100mM Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	100 mM		1	drop	NaCl
2	2 mM	EDTA	1	drop
3	25 mg/ml	protein	1	drop
4	1.0 M	sodium citrate	1	reservoir
5	100 mM	cacodylate	1	reservoir		pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 11610 / Num. obs: 11610 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 36.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 923 / R_sym value: 0.252 / % possible all: 95.1
反射	PLUS 最低解像度*: 25 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EPMR		位相決定
CNS	1	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HZ6

1hz6

解像度: 1.9→23.09 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1027037.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Maximum likelihood

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1134	9.8 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.197	11579	97 %	-
all	-	11579	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 54.2031 Å² / k_sol: 0.341182 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.21 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.17 Å	0.09 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	994	0	0	80	1074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.77
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.74	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.72	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.8	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.19	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.02 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	171	9.2 %
R_work	0.208	1683	-
obs	-	1630	95.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 9.8 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 34.9 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	26.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.77
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.74	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.8	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.72	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.19	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.265 / % reflection R_free: 9.2 % / R_factor R_work: 0.208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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