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- PDB-1kg3: Crystal structure of the core fragment of MutY from E.coli at 1.5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kg3
タイトルCrystal structure of the core fragment of MutY from E.coli at 1.55A resolution
要素A/G-specific adenine glycosylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DNA Repair (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine glycosylase / adenine/guanine mispair binding / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / oxidized purine DNA binding / DNAミスマッチ修復 / 塩基除去修復 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III family signature. / A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif ...Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III family signature. / A/G-specific adenine glycosylase MutY / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Adenine/Thymine-DNA glycosylase / MutY, C-terminal / NUDIX domain / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNAグリコシラーゼ / Endonuclease III; domain 1 / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / Adenine DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / difference fourier / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Gilboa, R. / Kilshtein, A. / Zharkov, D.O. / Kycia, J.H. / Gerchman, S.E. / Grollman, A.P. / Shoham, G.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Analysis of the E.coli MutY DNA glycosylase structure and function by site-directed mutagenesis
著者: Gilboa, R. / Kilshtein, A. / Zharkov, D.O. / Kycia, J.H. / Gerchman, S.E. / Grollman, A.P. / Shoham, G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Role for Lysine 142 in the excision of adenine from A:G mispairs by MutY DNA glycosylase of Escherichia coli.
著者: Zharkov, D.O. / Gilboa, R. / Yagil, I. / Kycia, J.H. / Gerchman, S.E. / Shoham, G. / Grollmam, A.P.
履歴
登録2001年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A/G-specific adenine glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9658
ポリマ－25,0491
非ポリマー9167
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.450, 50.200, 70.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 A/G-specific adenine glycosylase


分子量: 25048.990 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mutY / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P17802, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Lithium sulfate, HEPES, Sodium chloride, Magnesium sulfate. Different crystallization concentration in comparison to 1kg2., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→43 Å / Num. all: 35337 / Num. obs: 35337 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique all: 1936 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: difference fourier
開始モデル: 1KG2

1kg2


解像度: 1.55→43 Å / Num. parameters: 8297 / Num. restraintsaints: 7588 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: CNS 0.9 WAS ALSO USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 1724 5.2 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
all-35337 --
obs-35337 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å / Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2001.52
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 41 212 2005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0231
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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