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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kee | ||||||
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タイトル | Inactivation of the Amidotransferase Activity of Carbamoyl Phosphate Synthetase by the Antibiotic Acivicin | ||||||
要素 | (Carbamoyl-phosphate synthetase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / ATP grasp / channeling / antibiotic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding ...carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process / glutaminase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / amino acid biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Miles, B.W. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Inactivation of the amidotransferase activity of carbamoyl phosphate synthetase by the antibiotic acivicin. 著者: Miles, B.W. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kee.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kee.ent.gz | 980.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kee_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kee_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kee_validation.xml.gz | 265.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kee_validation.cif.gz | 384.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1kee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1kee | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jdbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is an octamer comprised of chains A,B,C,D,E,F,G, and H |
-要素
-Carbamoyl-phosphate synthetase ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CARB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(pLysS) 参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) #2: タンパク質 | 分子量: 41623.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CARA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(PysS)lysS) 参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) |
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-非ポリマー , 8種, 4262分子
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / #7: 化合物 | ChemComp-ADP / #8: 化合物 | ChemComp-ORN / #9: 化合物 | ChemComp-NET / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 8000, Hepes, potassium chloride, manganese chloride, ornithine, tetraethylammonium chloride, HEPPS, pH 7.4, batch, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.908 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 429957 / Num. obs: 429957 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 37.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 34861 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 72.7 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.7 % / Num. unique obs: 34861 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1JDB 解像度: 2.1→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor all: 0.187 / Rfactor obs: 0.186 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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