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万見
- PDB-1kee: Inactivation of the Amidotransferase Activity of Carbamoyl Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kee
タイトルInactivation of the Amidotransferase Activity of Carbamoyl Phosphate Synthetase by the Antibiotic Acivicin
要素(Carbamoyl-phosphate synthetase ...) x 2
キーワードLIGASE / ATP grasp / channeling / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process ...carbamoyl-phosphate synthase complex / : / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process / amino acid binding / amino acid biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit ...Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase large chain, methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4 / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / : / Methylglyoxal synthase-like domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Rossmann fold - #20 / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / TETRAETHYLAMMONIUM ION / L-ornithine / PHOSPHATE ION / Carbamoyl-phosphate synthase small chain / Carbamoyl phosphate synthase large chain / Carbamoyl phosphate synthase small chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Miles, B.W. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Inactivation of the amidotransferase activity of carbamoyl phosphate synthetase by the antibiotic acivicin.
著者: Miles, B.W. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M.
履歴
登録2001年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月20日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _software.classification / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
B: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
C: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
D: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
E: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
F: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
G: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
H: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,96094
ポリマ－638,4238
非ポリマー7,53786
水75,2314176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
H: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,47223
ポリマ－159,6062
非ポリマー1,86721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area46990 Å2
手法PISA, PQS
3
E: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
F: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,47223
ポリマ－159,6062
非ポリマー1,86721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area46910 Å2
手法PISA, PQS
4
A: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
B: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,50824
ポリマ－159,6062
非ポリマー1,90222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area46970 Å2
手法PISA, PQS
5
C: Carbamoyl-phosphate synthetase large chain
D: Carbamoyl-phosphate synthetase small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,50824
ポリマ－159,6062
非ポリマー1,90222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area47070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)152.400, 164.400, 333.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is an octamer comprised of chains A,B,C,D,E,F,G, and H

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要素

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Carbamoyl-phosphate synthetase ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Carbamoyl-phosphate synthetase large chain / CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHETASE AMMONIA CHAIN


分子量: 117981.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CARB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(pLysS)
参照: UniProt: P00968, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質
Carbamoyl-phosphate synthetase small chain / CARBAMOYL-PHOSPHATE SYNTHETASE GLUTAMINE CHAIN


分子量: 41623.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CARA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(PysS)lysS)
参照: UniProt: P00907, UniProt: P0A6F1*PLUS, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing)

-
非ポリマー , 8種, 4262分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#9: 化合物
ChemComp-NET / TETRAETHYLAMMONIUM ION


分子量: 130.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H20N
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.4
詳細: PEG 8000, Hepes, potassium chloride, manganese chloride, ornithine, tetraethylammonium chloride, HEPPS, pH 7.4, batch, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 mg/mlprotein11
210 mMHEPES11pH7.0
3100 mM11KCl
40.65 Mtetraethylammonium chloride12
58 %(w/v)PEG800012
6100 mM12KCl
70.5 mM12MnCl2
80.5 mMornithine12
91.25 mMADP12
1025 mMHEPES12pH7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.908 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 429957 / Num. obs: 429957 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 37.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 34861 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 72.7
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.7 % / Num. unique obs: 34861

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1JDB

1jdb


解像度: 2.1→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 42997 -RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.187 429957 --
obs0.187 429957 88.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44260 0 374 4176 48810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.12
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor all: 0.187 / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.12
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.7
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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