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- PDB-1kcy: NMR solution structure of apo calbindin D9k (F36G + P43M mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kcy
タイトルNMR solution structure of apo calbindin D9k (F36G + P43M mutant)
要素calbindin D9k
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF HAND / CALCIUM-BINDING PROTEIN / STRUCTURE PERTURBING MUTATION / FOUR HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Nelson, M.R. / Thulin, E. / Fagan, P.A. / Forsen, S. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: The EF-hand domain: a globally cooperative structural unit.
著者: Nelson, M.R. / Thulin, E. / Fagan, P.A. / Forsen, S. / Chazin, W.J.
履歴
登録2001年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE P43M is the background mutation used in the Chazin lab to study all calbindin D9k mutants. ...SEQUENCE P43M is the background mutation used in the Chazin lab to study all calbindin D9k mutants. This mutation removes spectra-complicating cis-trans isomerization at Pro43 but does not otherwise affect the structure.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: calbindin D9k


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4551
ポリマ－8,4551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50The full ensemble was ordered by lowest residual constraint violations, then the top 22 with favorable covalent geometries and AMBER energies were selected
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 calbindin D9k / CABP / Vitamin D-dependent calcium-binding protein / intestinal


分子量: 8454.515 Da / 分子数: 1
断片: contains EF-HAND 1 (LOW AFFINITY) and EF-HAND 2 (HIGH AFFINITY)
変異: F36G, P43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pRCB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P02633

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D COSY
1212D NOESY
1312D TOCSY
1432D NOESY
1522D 15N-1H HSQC
1623D 15N-separated TOCSY
1723D 15N-separated NOESY
182HNHA
192HNHB
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using a combination of standard 2D homonuclear and 15N-based 3D methods.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.5 mM calbindin; 95% H2O; 5% D2O95% H20; 5% D2O
22.5 mM calbindin D9k U-15N; 95% H2O; 5% D2O95% H2O/5% D2O
32.5 mM calbindin D9k; 100% D20100% D2O
試料状態イオン強度: no added salts / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANA2.8Guntert構造決定
Amber4.1Pearlmann構造決定
Felix97Molecular Simulations, Inc.データ解析
GLOMSAunknownGuntertデータ解析
GENXPK1Gippertデータ解析
Amber4.1Pearlmann精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 1042 NOE restraints (186 intraresidue, 269 sequential, 289 medium range (2-4 residues apart), 298 long range), 18 hydrogen bond restraints (assigned as described ...詳細: The structures are based on 1042 NOE restraints (186 intraresidue, 269 sequential, 289 medium range (2-4 residues apart), 298 long range), 18 hydrogen bond restraints (assigned as described in Skelton et al., 1995), and 115 dihedral constraints (45 phi, 42 psi, and 28 chi1).
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The full ensemble was ordered by lowest residual constraint violations, then the top 22 with favorable covalent geometries and AMBER energies were selected
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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