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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kco | ||||||
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タイトル | Structure of e131 Zeta Peptide, a Potent Antagonist of the High-Affinity IgE Receptor | ||||||
要素 | e131 Zeta Peptide | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / disulfide-bonded / HELICAL / "zeta" structure | ||||||
手法 | 溶液NMR / hybrid distance geometry, simulated annealing, then further refined by restrained molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Nakamura, G.R. / Reynolds, M.E. / Chen, Y.M. / Starovasnik, M.A. / Lowman, H.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Stable "zeta" peptides that act as potent antagonists of the high-affinity IgE receptor. 著者: Nakamura, G.R. / Reynolds, M.E. / Chen, Y.M. / Starovasnik, M.A. / Lowman, H.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kco.cif.gz | 112.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kco.ent.gz | 93.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kco.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kco_validation.pdf.gz | 331.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kco_full_validation.pdf.gz | 394.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kco_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kco_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kco | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2537.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid-phase peptide synthesis of a novel peptide based ON A NAIVE PHAGE-PEPTIDE LIBRARY THAT WAS SORTED FOR BINDING TO THE HIGH-AFFINITY IGE RECEPTOR |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. 3JHNHA WERE OBTAINED BY FITTING LORENTZIAN LINES TO THE ANTIPHASE DOUBLETS OF HN-HA PEAKS IN A 2QF-COSY SPECTRUM ...Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. 3JHNHA WERE OBTAINED BY FITTING LORENTZIAN LINES TO THE ANTIPHASE DOUBLETS OF HN-HA PEAKS IN A 2QF-COSY SPECTRUM PROCESSED TO HIGH DIGITAL RESOLUTION IN F2. 3JHAHB WERE EXTRACTED FROM A COSY-35 SPECTRUM ACQUIRED IN D2O |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: hybrid distance geometry, simulated annealing, then further refined by restrained molecular dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 143 NOE-derived distance restraints and 24 dihedral angle restraints. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |