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- PDB-1kc5: CRYSTAL STRUCTURE OF ANTIBODY PC287 IN COMPLEX WITH PS1 PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kc5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ANTIBODY PC287 IN COMPLEX WITH PS1 PEPTIDE
要素
  • (PC287 Immunoglobulin) x 2
  • PS1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / PEPTIDE ANTIGEN / COMPLEX (ANTIBODY-PEPTIDE)
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / : / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / : / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region, membrane-bound form / : / Large envelope protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nair, D.T. / Singh, K. / Siddiqui, Z. / Nayak, B.P. / Rao, K.V. / Salunke, D.M.
引用
ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2002
タイトル: Epitope recognition by diverse antibodies suggests conformational convergence in an antibody response.
著者: Nair, D.T. / Singh, K. / Siddiqui, Z. / Nayak, B.P. / Rao, K.V. / Salunke, D.M.
#1: ジャーナル: J.IMMUNOL. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of an Antibody Bound to an Immunodominant Peptide Epitope: Novel Features in Peptide-antibody Recognition
著者: Nair, D.T. / Singh, K. / Sahu, N. / Rao, K.V. / Salunke, D.M.
履歴
登録2001年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE An appropriate sequence database match for the Immunoglobulin was not available at the ...SEQUENCE An appropriate sequence database match for the Immunoglobulin was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PC287 Immunoglobulin
H: PC287 Immunoglobulin
P: PS1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2693
ポリマ－48,2693
非ポリマー00
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.590, 71.588, 87.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 PC287 Immunoglobulin


分子量: 23478.830 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VC55, UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 PC287 Immunoglobulin


分子量: 23205.986 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01869
#3: タンパク質・ペプチド PS1 peptide


分子量: 1584.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Hepatitis B virus.
参照: GenBank: 15419846, UniProt: Q91C35*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG 8K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 5
詳細: Shimizu, T., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1171.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMsodium acetate1droppH5.0
210 mg/mlprotein1drop
350 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
40.2 M1reservoirNaCl
512-17.5 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 13521 / Num. obs: 13521 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MARデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
MARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 119332.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1245 10.2 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs-13521 86 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.7715 Å2 / ksol: 0.297564 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å2-2.08 Å2
2---3.08 Å20 Å2
3---2.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3341 0 0 176 3517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 190 11 %
Rwork0.318 1535 -
obs-1288 65.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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