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- PDB-1kbv: NITRITE-SOAKED CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF ANIA FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kbv
タイトルNITRITE-SOAKED CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF ANIA FROM NEISSERIA GONORRHOEAE
要素Major outer membrane protein PAN 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANIA[NO2-]
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / cell outer membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Boulanger, M.J. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the soluble domain of the major anaerobically induced outer membrane protein (AniA) from pathogenic Neisseria: a new class of copper-containing nitrite reductases.
著者: Boulanger, M.J. / Murphy, M.E.
履歴
登録2001年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE ACCORDING TO THE AUTHOR THE SEQUENCE DIFFERENCES EXIST BETWEEN HIS SEQUENCE AND THE ...SEQUENCE ACCORDING TO THE AUTHOR THE SEQUENCE DIFFERENCES EXIST BETWEEN HIS SEQUENCE AND THE SWISSPROT ENTRY Q02219. AUTHOR'S SEQUENCE IS IDENTICAL TO THE SEQUENCE OBTAINGED FROM THE GONOCOCCAL GENOME SEQUENCING PROJECT (A49208) SUPPORTED BY USPHS/NIH GRANT #AI38399, AND B.A.ROE, L.SONG, S.P.LIN, X.YUAN, S.CLIFTON, T.DUCEY, L.LEWIS AND D.W.DYER AT THE UNIVERSITY OF OKLAHOMA - ACGT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major outer membrane protein PAN 1
B: Major outer membrane protein PAN 1
C: Major outer membrane protein PAN 1
D: Major outer membrane protein PAN 1
E: Major outer membrane protein PAN 1
F: Major outer membrane protein PAN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,31524
ポリマ－211,2766
非ポリマー1,03918
水37,0752058
1
A: Major outer membrane protein PAN 1
B: Major outer membrane protein PAN 1
C: Major outer membrane protein PAN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,15812
ポリマ－105,6383
非ポリマー5199
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11010 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
2
D: Major outer membrane protein PAN 1
E: Major outer membrane protein PAN 1
F: Major outer membrane protein PAN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,15812
ポリマ－105,6383
非ポリマー5199
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11080 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.290, 98.095, 102.299
Angle α, β, γ (deg.)83.89, 74.14, 73.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The physiological molecule is the homotrimer

-
要素

#1: タンパク質
Major outer membrane protein PAN 1 / ANIA


分子量: 35212.746 Da / 分子数: 6 / 断片: Residues 42-364, soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: aniA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: Q02219
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2058 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.7 M (NH4)2SO4, 0.2 M LiSO4 and 0.1 M CAPS, PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.7 Mammonium sulfate1reservoir
20.2 M1reservoirLiSO4
30.1 MCAPS1reservoirpH10.5
415 mg/mlprotein1drop
510 mMTris1droppH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月12日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 171343 / Num. obs: 149119 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 14912 / % possible all: 52.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 697886
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.2 % / Num. unique obs: 14912

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→49.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1755945.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 14880 10 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 148779 87.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.6322 Å2 / ksol: 0.368156 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-1 Å21.3 Å2
2--2.39 Å2-2.77 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13746 0 30 2058 15834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1515 10 %
Rwork0.221 13576 -
obs--53.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM_EH.CUTOPOLOGY_EH.CU
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.256 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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