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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kba | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF KAPPA-BUNGAROTOXIN AT 2.3-ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
要素 | KAPPA-BUNGAROTOXIN | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Dewan, J.C. / Grant, G.A. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of kappa-bungarotoxin at 2.3-A resolution. 著者: Dewan, J.C. / Grant, G.A. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kba.cif.gz | 36.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kba.ent.gz | 25.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/1kba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/1kba | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7282.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ) 参照: UniProt: P01398 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 6602 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 8.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→13 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→13 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR/TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.79 |