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- PDB-1kaw: STRUCTURE OF SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN (SSB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kaw
タイトルSTRUCTURE OF SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN (SSB)
要素SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN / SSB
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination ...single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Raghunathan, S. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the homo-tetrameric DNA binding domain of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein determined by multiwavelength x-ray diffraction on the ...タイトル: Crystal structure of the homo-tetrameric DNA binding domain of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein determined by multiwavelength x-ray diffraction on the selenomethionyl protein at 2.9-A resolution.
著者: Raghunathan, S. / Ricard, C.S. / Lohman, T.M. / Waksman, G.
履歴
登録1996年12月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN
B: SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN
C: SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN
D: SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9214
ポリマ－57,9214
非ポリマー00
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.080, 105.850, 90.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0301, -0.0368, -0.9989), (-0.0298, -0.9989, 0.0359), (-0.9991, 0.0287, -0.0312)40.5647, 79.5826, 38.5565
2given(0.2318, -0.0044, 0.9727), (-0.0257, -0.9997, 0.0016), (0.9724, -0.0253, -0.2319)-13.0048, 101.9584, 18.322

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要素

#1: タンパク質
SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN / SSB


分子量: 14480.156 Da / 分子数: 4 / 断片: CHYMOTRYPTIC FRAGMENT, RESIDUES 1 - 135 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02339, UniProt: P0AGE0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1reservoir
25 %(w/v)PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 14346 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 12833 / % possible obs: 83.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.85モデル構築
X-PLOR3.85精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.85位相決定
精密化解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 1
詳細: MOLECULAR DYNAMICS RESTRAINED REFINEMENT FOLLOWED BY LEAST-SQUARES OPTIMIZATION
Rfactor反射数
Rfree0.289 -
Rwork0.221 -
obs0.221 10473
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3044 0 0 35 3079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.295
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg20
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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