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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k9x | ||||||
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タイトル | Structure of Pyrococcus furiosus carboxypeptidase Apo-Yb | ||||||
要素 | M32 carboxypeptidase | ||||||
キーワード | carboxypeptidase / HEXXH motif / M32 family / metallopeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase Taq / cobalt ion binding / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Arndt, J.W. / Hao, B. / Ramakrishnan, V. / Cheng, T. / Chan, S.I. / Chan, M.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of a Novel Carboxypeptidase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus 著者: Arndt, J.W. / Hao, B. / Ramakrishnan, V. / Cheng, T. / Chan, S.I. / Chan, M.K. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE An appropriate sequence database reference was not available at the time of processing. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k9x.cif.gz | 412.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k9x.ent.gz | 341.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k9x_validation.pdf.gz | 398.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1k9x_full_validation.pdf.gz | 459 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k9x_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k9x_validation.cif.gz | 68.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59127.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3L0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, TRIS, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0000, 1.3860 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 98094 / Num. obs: 98094 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 26.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.087 / % possible all: 80.5 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 353793 / Rmerge(I) obs: 0.036 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 285605.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.6958 Å2 / ksol: 0.325539 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.212 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.327 / Rfactor Rwork: 0.231 |