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- PDB-1k9t: Chitinase a complexed with tetra-N-acetylchitotriose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9t
タイトルChitinase a complexed with tetra-N-acetylchitotriose
要素CHITINASE A
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 18 / CHITINASE / CHITINOLYSIS / A/B-(TIM)-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
chitinase / Chitinase A
類似検索 - 構成要素
生物種SERRATIA MARCESCENS (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Prag, G. / Tucker, P.A. / Oppenheim, A.B.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Complex Structures of Chitinase A Mutant with Oligonag Provide Insight Into the Enzymatic Mechanism
著者: Prag, G. / Tucker, P.A. / Oppenheim, A.B.
#1: ジャーナル: Chitin Enzymol. / 年: 2001
タイトル: Conservation of Structural Elements and Catalytic Mechanism in the Chitinolytic Enzymes from Serratia Marcescens
著者: Prag, G. / Vorgias, C.E. / Oppenheim, A.B.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: High Resolution Structural Analyses of Mutant Chitinase a Complexes with Substrates Provide New Insight Into the Mechanism of Catalysis
著者: Papanikolau, Y. / Prag, G. / Tavlas, G. / Vorgias, C.E. / Oppenheim, A.B. / Petratos, K.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1997
タイトル: Substrate-Assisted Catalysis Unifies Two Families of Chitinolytic Enzymes
著者: Tews, I. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Perrakis, A. / Wilson, K.S. / Dijkstra, B.W.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Chitinase at 2.3 Angstrom Resolution
著者: Perrakis, A. / Tews, I. / Dauter, Z. / Oppenheim, A.B. / Chet, I. / Wilson, K.S. / Vorgias, C.E.
履歴
登録2001年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4262
ポリマ－58,5961
非ポリマー8311
水13,709761
1
A: CHITINASE A
ヘテロ分子

A: CHITINASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8534
ポリマ－117,1912
非ポリマー1,6622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area6280 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area39300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.853, 131.907, 59.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CHITINASE A


分子量: 58595.582 Da / 分子数: 1 / 変異: D391A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 遺伝子: CHIA / プラスミド: PKK233-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): A9588 / 参照: UniProt: O83008, UniProt: P07254*PLUS, chitinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 761 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DEPOSITORS FOUND THAT RESIDUE 475 IS GLY AND THAT IT IS VARIED FROM THE SEQUENCE IN GENBANK AT ...THE DEPOSITORS FOUND THAT RESIDUE 475 IS GLY AND THAT IT IS VARIED FROM THE SEQUENCE IN GENBANK AT THIS POSITION. COMPARE ENTRIES 1EDQ, 1EHN, 1EIB, 1FFR, 1FFQ AND BAA31567(AB015996). THE CRYSTALLOGRAPHIC DATA WAS CONFIRMED BY DNA SEQUENCING. THE REASON FOR THESE DIFFERENCES IS PROBABLY DUE TO EVOLUTIONARY VARIATIONS. SEQUENCES VARIATIONS AMONG S.MARCESCENS CHITINASE A THAT WERE ISOLATED IN SEVERAL PLACES IN THE WORLD ARE KNOWN. IN THIS CASE THE STRAIN IS FROM THE COLLECTION OF PROF. ILAN CHET.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.75M CITRATE-NA AND 20%(V/V) METHANOL, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月28日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 73268 / Num. obs: 73268 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0391 / Net I/σ(I): 18.22
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EDQ

1edq


解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3687 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.189 73268 --
obs0.189 73268 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.736 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4117 0 57 761 4935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0230.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.32
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.7583
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.5623
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.554
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1160.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.815
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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