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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k9l | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of DNA TATGAGCGCTCATA | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / Lac operator / double-helix / mutant | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation | ![]() Kaluarachchi, K. / Gorenstein, D.G. / Luxon, B.A. | ![]() ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2000 | タイトル: How Do Proteins Recognize DNA? Solution Structure and Local Conformational Dynamics of Lac Operators by 2D NMR 著者: Kaluarachchi, K. / Gorenstein, D.G. / Luxon, B.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 237.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 236.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4279.804 Da / 分子数: 2 / 変異: G2A/C13T / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence is a G2A/C13T mutant of the symmetrized wild-type lac operator sequence. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 | 内容: 3 mM oligonucleotide, 55 mM potassium phosphate, 150 mM KCl, 0.1 mM NaN3 溶媒系: 99.96% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 150 mM KCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics, matrix relaxation ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 2 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |