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万見
- PDB-1k8k: Crystal Structure of Arp2/3 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k8k
タイトルCrystal Structure of Arp2/3 Complex
要素
  • (ACTIN-LIKE PROTEIN ...) x 2
  • (ARP2/3 COMPLEX ...) x 5
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of lamellipodium assembly / actin filament polymerization / cell projection / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / cell migration / site of double-strand break / actin binding / cell cortex / neuron projection / synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 ...Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Yope Regulator; Chain: A, / Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / ATPase, nucleotide binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha Horseshoe / Roll / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-related protein 2 / Actin-related protein 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Turbedsky, K. / Kaiser, D.A. / Higgs, H.N. / Marchand, J.-B. / Choe, S. / Pollard, T.D.
引用
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Influence of the Wiskott-Aldrich syndrome protein (WASp) C terminus and Arp2/3 complex on actin polymerization
著者: Higgs, H.N. / Blanchoin, L. / Pollard, T.D.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and function of the Arp2/3 complex
著者: Mullins, R.D. / Pollard, T.D.
#3: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Biomol.Struct. / 年: 2000
タイトル: Biophysics of actin filament dynamics in nonmuscle cells
著者: Pollard, T.D. / Blanchoin, L. / Mullins, R.D.
履歴
登録2001年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIN-LIKE PROTEIN 3
B: ACTIN-LIKE PROTEIN 2
C: ARP2/3 COMPLEX 41 KDA SUBUNIT
D: ARP2/3 COMPLEX 34 KDA SUBUNIT
E: ARP2/3 COMPLEX 21 KDA SUBUNIT
F: ARP2/3 COMPLEX 20 KDA SUBUNIT
G: ARP2/3 COMPLEX 16 KDA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,2317
ポリマ－224,2317
非ポリマー00
水30,8061710
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19740 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area72890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.710, 130.400, 204.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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ACTIN-LIKE PROTEIN ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ACTIN-LIKE PROTEIN 3 / ARP3 / ACTIN-RELATED PROTEIN 3 / ACTIN-2


分子量: 47428.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: P61157
#2: タンパク質 ACTIN-LIKE PROTEIN 2 / ARP2 / ACTIN-RELATED PROTEIN 2


分子量: 44818.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: A7MB62

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ARP2/3 COMPLEX ... , 5種, 5分子 CDEFG

#3: タンパク質 ARP2/3 COMPLEX 41 KDA SUBUNIT / p40 / P41-ARC / ACTIN-RELATED PROTEIN 2/3 COMPLEX SUBUNIT 1B


分子量: 41016.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: Q58CQ2
#4: タンパク質 ARP2/3 COMPLEX 34 KDA SUBUNIT / p34 / P34-ARC / ACTIN-RELATED PROTEIN 2/3 COMPLEX SUBUNIT 2


分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: Q3MHR7
#5: タンパク質 ARP2/3 COMPLEX 21 KDA SUBUNIT / p21 / P21-ARC / ACTIN-RELATED PROTEIN 2/3 COMPLEX SUBUNIT 3


分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: Q3T035
#6: タンパク質 ARP2/3 COMPLEX 20 KDA SUBUNIT / p20 / P20-ARC / ACTIN-RELATED PROTEIN 2/3 COMPLEX SUBUNIT 4


分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: Q148J6
#7: タンパク質 ARP2/3 COMPLEX 16 KDA SUBUNIT / p16 / P16-ARC / ACTIN-RELATED PROTEIN 2/3 COMPLEX SUBUNIT 5


分子量: 16295.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: part of the Arp2/3 Complex / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: thymus / 参照: UniProt: Q3SYX9

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非ポリマー , 1種, 1710分子

#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, KSCN, Hepes at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.0
3100 mM1dropNaCl
41 mMEGTA1drop
51 mM1dropMgCl2
61 mMdithiothreitol1drop
76 %PEG80001reservoir
80.1 MKSCN1reservoir
90.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月25日 / 詳細: double crystal monochromator
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 196866 / Num. obs: 185141 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 8.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.01 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 183319 / % possible obs: 92.8 % / Num. measured all: 852046 / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 -random
Rwork0.216 --
all-185141 -
obs-183284 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13616 0 0 1710 15326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.285
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.285
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.01 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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