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- PDB-1k7k: crystal structure of RdgB- inosine triphosphate pyrophosphatase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7k
タイトルcrystal structure of RdgB- inosine triphosphate pyrophosphatase from E. coli
要素Hypothetical protein yggV
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MAD / His-tag / large groove / disordered Se-Met / Putative ribosomal protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside triphosphate catabolic process / XTP/dITP diphosphatase / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding ...purine nucleoside triphosphate catabolic process / XTP/dITP diphosphatase / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
dITP/XTP pyrophosphatase / Ham1-like protein / Ham1 family / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dITP/XTP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sanishvili, R. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Skarina, T. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular basis of the antimutagenic activity of the house-cleaning inosine triphosphate pyrophosphatase RdgB from Escherichia coli.
著者: Savchenko, A. / Proudfoot, M. / Skarina, T. / Singer, A. / Litvinova, O. / Sanishvili, R. / Brown, G. / Chirgadze, N. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yggV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8711
ポリマ－23,8711
非ポリマー00
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.180, 78.180, 80.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Molecule is alongated, with dominant beta sheet extending throughout. There are additional beta strands at both ends of the beta sheet. Several alpha helices surround the ends of beta-sheet, leaving large groove on one side of the plane of the sheet.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yggV


分子量: 23871.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52061
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: PEG4k, Am. Acetate, Na-Citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION
Temp details: ambient

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97937, 0.97918
シンクロトロンAPS 19-ID21.03321
検出器
タイプID検出器日付詳細
CUSTOM-MADE1CCD2001年8月21日Double-crystal monochromator, mirror
CUSTOM-MADE2CCD2001年9月10日Double-crystal monochromator, mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.979181
31.033211
反射解像度: 1.45→60 Å / Num. all: 40104 / Num. obs: 40104 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
REFMAC5精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→55.09 Å / SU B: 2.585 / SU ML: 0.098 / SU Rfree: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: REFMAC defaults / 詳細: used maximum likelihood method
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23751 1875 5.1 %RANDOM
Rwork0.21135 ---
obs0.21261 35524 92.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→55.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 0 255 1956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.767
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.176
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.125
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.5-1.5390.291270.25X-RAY DIFFRACTION295820
1.539-1.5810.2571150.229X-RAY DIFFRACTION285920
1.581-1.6270.2311230.224X-RAY DIFFRACTION281420
1.627-1.6770.2481030.215X-RAY DIFFRACTION269820
1.677-1.7320.2691210.218X-RAY DIFFRACTION263820
1.732-1.7930.2621280.223X-RAY DIFFRACTION254020
1.793-1.860.269990.223X-RAY DIFFRACTION246320
1.86-1.9360.2641240.22X-RAY DIFFRACTION237620
1.936-2.0220.3031130.215X-RAY DIFFRACTION228520
2.022-2.1210.3031300.219X-RAY DIFFRACTION221020
2.121-2.2350.241020.224X-RAY DIFFRACTION208620
2.235-2.370.2221060.213X-RAY DIFFRACTION197820
2.37-2.5340.202900.225X-RAY DIFFRACTION187020
2.534-2.7360.244870.219X-RAY DIFFRACTION175120
2.736-2.9970.278760.22X-RAY DIFFRACTION161320
2.997-3.3490.23800.229X-RAY DIFFRACTION148220
3.349-3.8650.202660.204X-RAY DIFFRACTION131020
3.865-4.7280.169520.179X-RAY DIFFRACTION113120
4.728-6.6630.23360.238X-RAY DIFFRACTION89720
6.663-55.9020.33180.25X-RAY DIFFRACTION55020

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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