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- PDB-1k7c: Rhamnogalacturonan acetylesterase with seven N-linked carbohydrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7c
タイトルRhamnogalacturonan acetylesterase with seven N-linked carbohydrate residues distributed at two N-glycosylation sites refined at 1.12 A resolution
要素rhamnogalacturonan acetylesterase
キーワードHYDROLASE / N-linked glycosylation / SGNH-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnogalacturonan acetylesterase / hydrolase activity, acting on ester bonds
類似検索 - 分子機能
Rhamnogalacturonan acetylesterase RhgT-like / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Rhamnogalacturonan acetylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Molgaard, A. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: A branched N-linked glycan at atomic resolution in the 1.12 A structure of rhamnogalacturonan acetylesterase.
著者: Molgaard, A. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Rhamnogalacturonan acetylesterase, a member of the SGNH-hydrolase family.
著者: Molgaard, A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Rhamnogalacturonan acetylesterase elucidates the structure and function of a new family of hydrolases.
著者: Molgaard, A. / Kauppinen, S. / Larsen, S.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the heterogeneously glycosylated enzyme rhamnogalacturonan acetylesterase from Aspergillus aculeatus.
著者: Molgaard, A. / Petersen, J.F.W. / Kauppinen, S. / Dalboge, H. / Johnsen, A.H. / Poulsen, J.-C.N. / Larsen, S.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Molecular cloning and characterization of a rhamnogalacturonan acetylesterase from Aspergillus aculeatus.
著者: Kauppinen, S. / Christgau, S. / Kofod, L.V. / Halkier, T. / Dorreich, K. / Dalboge, H.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rhamnogalacturonan acetylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3017
ポリマ－24,6231
非ポリマー1,6786
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.170, 56.920, 71.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 rhamnogalacturonan acetylesterase


分子量: 24622.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / プラスミド: PHD464 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): A1560 / 参照: GenBank: 1004217, UniProt: Q00017*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Li2SO4, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
詳細: Molgaard, A., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 1026.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.4 M1reservoiror 1.4M (NH4)2SO4Li2SO4
20.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.1024 / 波長: 1.1024 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→38 Å / Num. all: 644629 / Num. obs: 644629 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / % possible all: 82.1
反射
*PLUS
Num. obs: 80624 / Num. measured all: 644629 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 1DEO

1deo


解像度: 1.12→40 Å / Num. parameters: 19970 / Num. restraintsaints: 24756 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1344 4019 5 %RANDOM
Rwork0.1033 ---
all0.1095 80568 --
obs0.1045 71116 97.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 1706 / Occupancy sum non hydrogen: 2123.96
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1735 0 106 329 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0264
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.195
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.103
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 38 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.11 / Rfactor obs: 0.103 / Rfactor Rfree: 0.139
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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