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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k6j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nmra, a negative transcriptional regulator (Monoclinic form) | ||||||
![]() | NmrA | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Rossmann fold transcriptional regulation short chain dehydrogenase reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / NAD binding / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stammers, D.K. / Ren, J. / Leslie, K. / Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Hawkins, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the negative transcriptional regulator NmrA reveals a structural superfamily which includes the short-chain dehydrogenase/reductases. 著者: Stammers, D.K. / Ren, J. / Leslie, K. / Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Hawkins, A.R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Expression, purification and crystallization of Aspergillus nidulans NmrA, a negative regulatory protein involved in nitrogen-metabolite repression. 著者: Nichols, C.E. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Ren, J. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | BASED ON SEQUENCE BOTH GENOMIC DNA AND CDNA SHOWED ARG 238 ON CHAINS A AND B. MOST LIKELY THERE IS ... BASED ON SEQUENCE BOTH GENOMIC DNA AND CDNA SHOWED ARG 238 ON CHAINS A AND B. MOST LIKELY THERE IS AN ERROR IN THE PUBLISHED SEQUENCE OR A SEQUENCE VARIANT IN THE STRAIN USED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38835.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium chloride, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Nichols, C.E., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1722. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 78344 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 5966 / % possible all: 73.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.3 % / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1K6I 解像度: 1.8→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2110594.76 / Data cutoff high rms absF: 2110594.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.3882 Å2 / ksol: 0.400001 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.285 |