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- PDB-1k6x: Crystal structure of Nmra, a negative transcriptional regulator i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k6x
タイトルCrystal structure of Nmra, a negative transcriptional regulator in complex with NAD at 1.5 A resolution (Trigonal form)
要素NmrA
キーワードTRANSCRIPTION / Rossmann fold transcriptional regulation short chain dehydrogenase reductase NADH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / NAD binding / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Nitrogen metabolite repression protein nmrA / Nitrogen metabolite repression protein nmrA
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stammers, D.K. / Ren, J. / Leslie, K. / Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Hawkins, A.R.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: The structure of the negative transcriptional regulator NmrA reveals a structural superfamily which includes the short-chain dehydrogenase/reductases.
著者: Stammers, D.K. / Ren, J. / Leslie, K. / Nichols, C.E. / Lamb, H.K. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Hawkins, A.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Expression purification and crystallisation of Aspergillus nidulans NmrA - a negative regulatory protein involved in nitrogen metabolite repression
著者: Nichols, C.E. / Cocklin, S. / Dodds, A. / Ren, J. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Stammers, D.K.
履歴
登録2001年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE BASED ON SEQUENCE BOTH GENOMIC DNA AND CDNA SHOWED ARG 238 MOST LIKELY THERE IS AN ERROR ...SEQUENCE BASED ON SEQUENCE BOTH GENOMIC DNA AND CDNA SHOWED ARG 238 MOST LIKELY THERE IS AN ERROR IN THE PUBLISHED SEQUENCE OR A SEQUENCE VARIANT IN THE STRAIN AS PER AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NmrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7118
ポリマ－38,8351
非ポリマー8767
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.690, 76.690, 104.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1055-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NmrA


分子量: 38835.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 遺伝子: nmrA / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23 DE3 / 参照: UniProt: O59919, UniProt: Q5AU62*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: potassium chloride, sodium dihydrogen phosphate, potassium dihydrogen phosphate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: Nichols, C.E., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1722.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
118 mg/mlprotein1drop
43.6 M1reservoirKCl
50.1 MMES1reservoirpH6.5
60.1 Msodium potassium phosphate1reservoir
2ammonium sulfate1drop
3PEG60001drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 54613 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3872 / % possible all: 68.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.4 % / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K6I

1k6i


解像度: 1.5→28.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1612646.17 / Data cutoff high rms absF: 1612646.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2766 5.2 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.179 54579 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 78.6435 Å2 / ksol: 0.382178 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å2-0.9 Å20 Å2
2---1.43 Å20 Å2
3---2.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 50 599 3213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.346
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.2510
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.168
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.7516
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 200 5.2 %
Rwork0.333 3671 -
obs--68.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5NAD.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.346
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.168
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.2510
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.7516
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.346 / Rfactor Rwork: 0.333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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