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- PDB-1k6a: Structural studies on the mobility in the active site of the Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k6a
タイトルStructural studies on the mobility in the active site of the Thermoascus aurantiacus xylanase I
要素xylanase I
キーワードHYDROLASE / alternate conformations / active site mobility
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoascus aurantiacus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Eckert, K. / Teixeira, S.C.M. / Bhat, M.K. / Andrei, C. / Pickersgill, R.W. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: FEBS LETT. / 年: 2001
タイトル: Substrate specificity and subsite mobility in T. aurantiacus xylanase 10A.
著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Eckert, K. / Teixeira, S.C. / Bhat, M.K. / Andrei, C. / Pickersgill, R.W. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Anisotropic refinement of the structure of Thermoascus aurantiacus xylanase I
著者: Teixeira, S.C.M. / Lo Leggio, L. / Pickersgill, R. / Cardin, C.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: High Resolution Structure and Sequence of T.aurantiacus Xylanase I: Implications for the Evolution of thermostability in Family 10 xylanases and enzymes with (beta)alpha-barrel architecture
著者: Lo Leggio, L. / Kalogiannis, S. / Bhat, M.K. / Pickersgill, R.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure at 1.8A resolution and proposed amino acid sequence of a thermostable xylanase from Thermoascus aurantiacus
著者: Natesh, R. / Bhanumoorthy, P. / Vithayathil, P.J. / Sekar, K. / Ramakumar, S. / Viswamitra, M.A.
履歴
登録2001年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2002年7月3日ID: 1FXM
改定 1.02002年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: xylanase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9081
ポリマ－32,9081
非ポリマー00
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.220, 59.240, 51.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 xylanase I / Endo-1 / 4-beta-xylanase


分子量: 32907.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 株: IMI 216529 / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.6338.73
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.1PEG 6K, phosphate citrate buffer, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.8PEG 6K, EDTA, Tris, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX9.610.87
シンクロトロンSRS PX9.620.87
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.14→39.5 Å / Num. all: 80691 / Num. obs: 80508 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.14→1.15 Å / % possible all: 72.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.14→10 Å / Num. parameters: 23110 / Num. restraintsaints: 29211 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1458 4019 5.3 %RANDOM
Rwork0.1093 ---
all0.11 76489 --
obs0.1065 80628 80.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 17 / Occupancy sum hydrogen: 2089 / Occupancy sum non hydrogen: 2518.01
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.14→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 0 199 4740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.054
LS精密化 シェル解像度: 1.14→1.15 Å /
Rfactor%反射
Rwork0.097 -
obs-79.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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