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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k4m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase complexed to deamido-NAD | ||||||
要素 | NaMN adenylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Nucleotidyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD salvage / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Zhou, T. / Kurnasov, O. / Cheek, S. / Grishin, N.V. / Osterman, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of E. coli nicotinate mononucleotide adenylyltransferase and its complex with deamido-NAD. 著者: Zhang, H. / Zhou, T. / Kurnasov, O. / Cheek, S. / Grishin, N.V. / Osterman, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k4m.cif.gz | 151.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k4m.ent.gz | 121 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k4m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k4m_validation.pdf.gz | 616.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1k4m_full_validation.pdf.gz | 641.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k4m_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k4m_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit of the protein is monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24553.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: NADD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A752, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Na citrate, NaCl, Tris, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月5日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 59943 / Num. obs: 57802 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 180068 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.5 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1k4k 解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.255 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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