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万見
- PDB-1k4l: Crystal Structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k4l
タイトルCrystal Structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase in complex with two Manganese ions
要素3,4-Dihydroxy-2-Butanone 4-Phosphate Synthase
キーワードISOMERASE / dihydroxybutanone phosphate synthase / riboflavin biosynthesis / antimicrobial target / structure-based design
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DHBP synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Liao, D.-I. / Zheng, Y.-J. / Viitanen, P.V. / Jordan, D.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural definition of the active site and catalytic mechanism of 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase.
著者: Liao, D.I. / Zheng, Y.J. / Viitanen, P.V. / Jordan, D.B.
履歴
登録2001年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,4-Dihydroxy-2-Butanone 4-Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3385
ポリマ－25,0361
非ポリマー3024
水3,765209
1
A: 3,4-Dihydroxy-2-Butanone 4-Phosphate Synthase
ヘテロ分子

A: 3,4-Dihydroxy-2-Butanone 4-Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,67710
ポリマ－50,0732
非ポリマー6048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.366, 88.346, 43.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1169-

HOH

詳細The biological assembly is a homodimer. Applying the following symmetry related operation on the coordinates of the monomer in the asymmetric unit would generate the 2nd half of the dimer. rotation matrix -1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 translation -1, -1, 0

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要素

#1: タンパク質 3,4-Dihydroxy-2-Butanone 4-Phosphate Synthase


分子量: 25036.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 遺伝子: rice blast fungi / プラスミド: PET-24a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8TG90, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Li2SO4, MES-NaOH, PEG5000 Monomethyl ether, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
詳細: Liao, D.-I., (2000) Acta Crystallogr, D56, 1495. / PH range low: 6.5 / PH range high: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17 mg/mlprotein1drop
224-30 %PEG5000 MME1reservoir
30.2 M1reservoirLi2SO4
40.1 MMES-NaOH1reservoirpH6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月18日 / 詳細: MSC focusing mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 26458 / Num. obs: 26458 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 969 / % possible all: 70.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 106303 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1K49 but with no waters.

1k49


解像度: 1.6→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.267 2614
Rwork0.199 -
all-26412
obs-25979
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 12 209 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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