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- PDB-1k3f: Uridine Phosphorylase from E. coli, Refined in the Monoclinic Cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k3f
タイトルUridine Phosphorylase from E. coli, Refined in the Monoclinic Crystal Lattice
要素uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / nucleoside phosphorylase / hexamer
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP catabolic process / uridine catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding ...UMP catabolic process / uridine catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Morgunova, E.Yu. / Mikhailov, A.M. / Popov, A.N. / Blagova, E.V. / Smirnova, E.A. / Vainshtein, B.K. / Mao, C. / Armstrong, S.R. / Ealick, S.E. / Komissarov, A.A. ...Morgunova, E.Yu. / Mikhailov, A.M. / Popov, A.N. / Blagova, E.V. / Smirnova, E.A. / Vainshtein, B.K. / Mao, C. / Armstrong, S.R. / Ealick, S.E. / Komissarov, A.A. / Linkova, E.V. / Burlakova, A.A. / Mironov, A.S. / Debabov, V.G.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Atomic structure at 2.5 A resolution of uridine phosphorylase from E. coli as refined in the monoclinic crystal lattice.
著者: Morgunova, E.Yu. / Mikhailov, A.M. / Popov, A.N. / Blagova, E.V. / Smirnova, E.A. / Vainshtein, B.K. / Mao, C. / Armstrong, S.R. / Ealick, S.E. / Komissarov, A.A. / Linkova, E.V. / Burlakova, ...著者: Morgunova, E.Yu. / Mikhailov, A.M. / Popov, A.N. / Blagova, E.V. / Smirnova, E.A. / Vainshtein, B.K. / Mao, C. / Armstrong, S.R. / Ealick, S.E. / Komissarov, A.A. / Linkova, E.V. / Burlakova, A.A. / Mironov, A.S. / Debabov, V.G.
履歴
登録2001年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uridine phosphorylase
B: uridine phosphorylase
C: uridine phosphorylase
D: uridine phosphorylase
E: uridine phosphorylase
F: uridine phosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,1346
ポリマ－163,1346
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18380 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area54200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.6, 98.8, 93.7
Angle α, β, γ (deg.)90, 120.2, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a hexamer of identical subunits; asymmetric unit contains a Upase hexamer. Entire hexamer is deposited,

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要素

#1: タンパク質
uridine phosphorylase / Upase / UDRPase


分子量: 27189.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pUD7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AM1906 / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: drops-0.05 M Tris-HCl and 4-6% PEG 4000; equilibrium solution-0.1M Tris-mal/NaOH pH5.91-5.96, 20-25% Peg 4000 and 0.04% sodium azide, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.05 MTris-HCl1drop
210-12 mg/mlprotein1drop
34-6 %PEG40001drop
40.1 MTris-mal/NaOH1reservoir
520-25 %PEG40001reservoir
60.04 %sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: KARD-6 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年1月5日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 50479 / Num. obs: 42403 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 84 % / Num. measured all: 116050

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: trigonal form of Upase

解像度: 2.5→6 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rwork0.186 --
all0.186 50479 -
obs-42401 -
Rfree--random
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11286 0 0 0 11286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.095
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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