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- PDB-1k3e: Type III secretion chaperone CesT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k3e
タイトルType III secretion chaperone CesT
要素CesT
キーワードCHAPERONE / Secretion / Type III / intimin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #390 / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tir chaperone / Tir chaperone
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Luo, Y. / Bertero, M. / Frey, E.A. / Pfuetzner, R.A. / Wenk, M.R. / Creagh, L. / Marcus, S.L. / Lim, D. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural and biochemical characterization of the type III secretion chaperones CesT and SigE.
著者: Luo, Y. / Bertero, M.G. / Frey, E.A. / Pfuetzner, R.A. / Wenk, M.R. / Creagh, L. / Marcus, S.L. / Lim, D. / Sicheri, F. / Kay, C. / Haynes, C. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2001年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CesT
B: CesT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3902
ポリマ－35,3902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
2
A: CesT

B: CesT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3902
ポリマ－35,3902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area4560 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.586, 77.856, 94.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CesT


分子量: 17694.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This sequence occurs naturally in Escherichia coli O157:H7.
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: cesT / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47015, UniProt: P58233*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 600, 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl11pH8.2
320 mg/mlprotein11
41.3-1.8 Mammonium sulfate12pH5.4-6.2
211NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 10823 / Num. obs: 10290 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 773 / Rsym value: 0.151 / % possible all: 72.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 43030
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1022 9.2 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all-10823 --
obs-9957 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--36.158 Å20 Å20 Å2
2--20.385 Å20 Å2
3---15.774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 0 0 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0069
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.484
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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