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- PDB-1k39: The structure of yeast delta3-delta2-enoyl-COA isomerase complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k39
タイトルThe structure of yeast delta3-delta2-enoyl-COA isomerase complexed with octanoyl-COA
要素d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
キーワードISOMERASE / beta-beta-alpha spiral
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTANOYL-COENZYME A / PHOSPHATE ION / 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Mursula, A.M. / Geerlof, A. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
引用
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of delta3-delta2-enoyl-CoA isomerase
著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and X-ray diffraction analysis of peroxisomal Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Modis, Y. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2001年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
B: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
C: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1219
ポリマ－95,1553
非ポリマー2,9666
水362
1
A: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
B: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
C: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
ヘテロ分子

A: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
B: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
C: d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,24218
ポリマ－190,3106
非ポリマー5,93212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+3/21
Buried area30410 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area54970 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.650, 116.650, 216.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1


分子量: 31718.369 Da / 分子数: 3 / 変異: M25I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ECI1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q05871, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA


分子量: 893.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H50N7O17P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M TEA, 1.3 M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.946 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月18日
放射モノクロメーター: bendable mirror and asymmetrically cut Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 23549 / Num. obs: 22527 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HNU

1hnu


解像度: 3.29→20 Å / SU B: 17.906 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26209 1162 5.1 %RANDOM
Rwork0.20508 ---
obs0.208 21512 96.9 %-
all-21372 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 186 2 6587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9938881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3985777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.23473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.451.53894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88726274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18632671
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0974.52607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.286→3.369 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 81
Rwork0.206 1405
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.499 Å / Origin y: 10.513 Å / Origin z: 146.123 Å
111213212223313233
T0.0998 Å20.024 Å2-0.0093 Å2-0.0274 Å2-0.0275 Å2--0.0305 Å2
L0.6581 °20.1307 °20.2975 °2-1.0919 °20.23 °2--1.1005 °2
S0.0233 Å °0.1352 Å °-0.0347 Å °-0.286 Å °0.0387 Å °-0.0518 Å °0.0418 Å °0.1938 Å °-0.062 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 2724 - 272
2X-RAY DIFFRACTION1BB4 - 2744 - 274
3X-RAY DIFFRACTION1CC5 - 2705 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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