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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k39 | ||||||
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タイトル | The structure of yeast delta3-delta2-enoyl-COA isomerase complexed with octanoyl-COA | ||||||
![]() | d3,d2-enoyl CoA isomerase ECI1 | ||||||
![]() | ISOMERASE / beta-beta-alpha spiral | ||||||
機能・相同性 | ![]() Beta-oxidation of very long chain fatty acids / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Peroxisomal protein import / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mursula, A.M. / Geerlof, A. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
![]() | #1: ![]() タイトル: The crystal structure of delta3-delta2-enoyl-CoA isomerase 著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. #2: ![]() タイトル: Crystallization and X-ray diffraction analysis of peroxisomal Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase from Saccharomyces cerevisiae 著者: Mursula, A.M. / van Aalten, D.M.F. / Modis, Y. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hnuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31718.369 Da / 分子数: 3 / 変異: M25I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ECI1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M TEA, 1.3 M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月18日 |
放射 | モノクロメーター: bendable mirror and asymmetrically cut Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 23549 / Num. obs: 22527 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HNU 解像度: 3.29→20 Å / SU B: 17.906 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.628 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.29→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.286→3.369 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -11.499 Å / Origin y: 10.513 Å / Origin z: 146.123 Å
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精密化 TLSグループ |
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