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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k2c | ||||||
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タイトル | Combining Mutations in HIV-1 Protease to Understand Mechanisms of Resistance | ||||||
![]() | PROTEASE RETROPEPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mahalingam, B. / Boross, P. / Wang, Y.-F. / Louis, J.M. / Fischer, C. / Tozser, J. / W Harrison, R. / Weber, I.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance. 著者: Mahalingam, B. / Boross, P. / Wang, Y.F. / Louis, J.M. / Fischer, C.C. / Tozser, J. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10727.638 Da / 分子数: 2 / 変異: D30N, V82S, Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0Q4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | PEPTIDE INHIBITOR 0Q4 HAS A REDUCED PEPTIDE (-CH2-NH) INSTEAD OF THE NORMAL PEPTIDE LINK (-CO-NH). | 配列の詳細 | MUTATIONS Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A, HAVE BEEN MADE TO STABILIZE THE PROTEASE FROM ...MUTATIONS Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A, HAVE BEEN MADE TO STABILIZE THE PROTEASE FROM AUTOPROTEO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20-50% Saturated Ammonium Sulphate, 10% DMSO, 0.25M citrate/0.5M phosphate buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS PH range low: 6.5 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月26日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 8863 / Num. obs: 8863 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.171 / Num. unique all: 887 / % possible all: 89.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.171 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DAZ 解像度: 2.2→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.3503 / Rfactor Rwork: 0.2654 |