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万見
- PDB-1k1z: Solution structure of N-terminal SH3 domain mutant(P33G) of murine Vav -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1z
タイトルSolution structure of N-terminal SH3 domain mutant(P33G) of murine Vav
要素vav
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 / Proto-oncogene
機能・相同性
機能・相同性情報


Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHOA GTPase cycle ...Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / VEGFR2 mediated vascular permeability / RHOA GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (12/13) signalling events / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / phosphorylation-dependent protein binding / Regulation of signaling by CBL / RHOG GTPase cycle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of cell size / T cell differentiation / phagocytosis / phosphotyrosine residue binding / neutrophil chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / reactive oxygen species metabolic process / T cell activation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell junction / cell migration / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Ogura, K. / Nagata, K. / Horiuchi, M. / Ebisui, E. / Hasuda, T. / Yuzawa, S. / Nishida, M. / Hatanaka, H. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2002
タイトル: Solution structure of N-terminal SH3 domain of Vav and the recognition site for Grb2 C-terminal SH3 domain
著者: Ogura, K. / Nagata, K. / Horiuchi, M. / Ebisui, E. / Hasuda, T. / Yuzawa, S. / Nishida, M. / Hatanaka, H. / Inagaki, F.
履歴
登録2001年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vav


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9901
ポリマ－8,9901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 vav / VAV proto-oncogene


分子量: 8990.082 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal SH3 domain / 変異: P33G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pHT-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27870

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細内容: 1.5mM protein U-15N,13C; 10mM phosphate buffer K; 10mM DTT-d
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1Nilges構造決定
ARIA1Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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