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万見
- PDB-1k0v: Copper trafficking: the solution structure of Bacillus subtilis CopZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0v
タイトルCopper trafficking: the solution structure of Bacillus subtilis CopZ
要素CopZ
キーワードMETAL TRANSPORT / beta-alpha-beta-beta-alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Copper ion binding protein / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 ...: / Copper ion binding protein / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Copper chaperone CopZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Del Conte, R. / Markey, J. / Ruiz-Duenas, F.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Copper trafficking: the solution structure of Bacillus subtilis CopZ.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Del Conte, R. / Markey, J. / Ruiz-Duenas, F.J.
履歴
登録2001年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999Sequence The last four amino acid segment IEGR, corresponding to the FactorXa recognition site used ...Sequence The last four amino acid segment IEGR, corresponding to the FactorXa recognition site used to remove the histidine tag, was engineered at the C-terminus of the construct.
Remark 600HETEROGEN COPPER (I) IS COORDINATED BY CYS 13 AND CYS 16.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CopZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8662
ポリマ－7,8031
非ポリマー641
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CopZ / probable mercuric ion-binding protein yvgY


分子量: 7802.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CopZ is involved in the copper trafficking of Bacillus subtilis and it does bind copper(I) under reducing conditions
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bscopz / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: O32221
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D TOSCY-HSQC
1213D NOESY-HSQC
1313D HNHA
2422D TOSCY
2522D NOESY
1612D HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using heteronuclear technique

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1Sample 1: 2mM Copper (I) loaded-Bacillus subtilis CopZ, 15N labelled. DTT was used as reductant. Sample 2: 2mM Copper (I) loaded-Bacillus subtilis CopZ, not labelled. DTT was used as reductant.100mM phosphate buffer, 90%H2O, 10%D2O
22mM Copper (I) loaded Bacillus subtilis CopZ, not labelled. DTT was used as reductant.100mM phosphate buffer, 90%H2O, 10%D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
171 atm300 K
271 atm300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guenter et al. 1997構造決定
XwinNMR2.6collection
XEASY1.3.13Eccles et al. 1991データ解析
Amber5Pearlman et al. 1997精密化
MOLMOL2.4Koradi et al. 1996データ解析
CORMABorgias et al. 1989データ解析
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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