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- PDB-1k0r: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis NusA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0r
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis NusA
要素NusA
キーワードTRANSCRIPTION / Two component arrangement / S1 domain / two K-homology domains. / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4 / NusA, N-terminal domain / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / K homology (KH) domain ...N Utilization Substance Protein A; Chain:P; domain 4 / NusA, N-terminal domain / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / K homology (KH) domain / RNA-binding domain, S1 / Type-1 KH domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription termination/antitermination protein NusA / Transcription termination/antitermination protein NusA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gopal, B. / Haire, L.F. / Gamblin, S.J. / Dodson, E.J. / Lane, A.N. / Papavinasasundaram, K.G. / Colston, M.J. / Dodson, G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the transcription elongation/anti-termination factor NusA from Mycobacterium tuberculosis at 1.7 A resolution.
著者: Gopal, B. / Haire, L.F. / Gamblin, S.J. / Dodson, E.J. / Lane, A.N. / Papavinasasundaram, K.G. / Colston, M.J. / Dodson, G.
履歴
登録2001年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NusA
B: NusA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1206
ポリマ－79,7362
非ポリマー3844
水7,116395
1
A: NusA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9642
ポリマ－39,8681
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NusA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1564
ポリマ－39,8681
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.987, 88.987, 180.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NusA


分子量: 39867.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Elongation/Anti-termination factor
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MTCY24A1, number Z95207.1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS / 参照: UniProt: P0A5M2, UniProt: P9WIV3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Ammonium sulphate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 詳細: Gopal, B., (2001) Acta Crystallog., D57, 1187.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
21.1 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MMES1reservoirpH6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.009, 0.939
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0091
20.9391
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 82725 / Num. obs: 82725 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3389 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 78.2
反射
*PLUS
% possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 7917 10.021 %random
Rwork0.2477 ---
all0.2692 79003 --
obs0.2692 79003 86.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.669 Å2-0.037 Å20 Å2
2--1.669 Å20 Å2
3----3.338 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4952 0 20 395 5367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.11474
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004653
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4108 54 -
Rwork0.3743 --
obs-443 1.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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