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- PDB-1k0i: Pseudomonas aeruginosa phbh R220Q in complex with 100mM PHB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0i
タイトルPseudomonas aeruginosa phbh R220Q in complex with 100mM PHB
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードHYDROLASE / phbh / FAD / p-OHB
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / SULFITE ION / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, J. / Ortiz-Maldonado, M. / Entsch, B. / Ballou, D. / Gatti, D.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Protein and ligand dynamics in 4-hydroxybenzoate hydroxylase.
著者: Wang, J. / Ortiz-Maldonado, M. / Entsch, B. / Massey, V. / Ballou, D. / Gatti, D.L.
履歴
登録2001年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,26413
ポリマ－44,3531
非ポリマー1,91012
水4,612256
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,52826
ポリマ－88,7072
非ポリマー3,82124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_757-x+2,y,-z+5/21
Buried area5850 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
2
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,52826
ポリマ－88,7072
非ポリマー3,82124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area6520 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.678, 138.150, 92.509
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-708-

SO4

詳細The enzyme is a dimer in solution. But only one monomer is present in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE


分子量: 44353.484 Da / 分子数: 1 / 変異: R220Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: bl21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20586, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM potassium phosphate, 0.05 mM glutathion, 30mM sodium sulfite 0.02mM FAD, 450mM ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14 mg/mlprotein1drop
2100 mMKPi1droppH7.0
30.05 mMglutathione1drop
430 mMsodium solfite1drop
50.02 mMFAD1drop
6450 mMammonium sulfate1drop
7900 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→22.02 Å / Num. all: 38363 / Num. obs: 38363 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.471 / Num. unique all: 3306 / % possible all: 53
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. measured all: 557623

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IUW

1iuw


解像度: 1.8→22.02 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3851 -random
Rwork0.207 ---
all-38363 --
obs-38363 90.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.31 Å20 Å20 Å2
2---2.43 Å20 Å2
3----3.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3123 0 117 256 3496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 22 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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