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- PDB-1k0f: Crystal structure of Zn(II)-free T. pallidum TroA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k0f
タイトルCrystal structure of Zn(II)-free T. pallidum TroA
要素Periplasmic zinc-binding protein troA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / apo protein / helix backbone / closed conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / : / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-binding protein TroA
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, Y.H. / Dorwart, M.R. / Hazlett, K.R. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. / Radolf, J.D. / Hasemann, C.A.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of Zn(II)-free Treponema pallidum TroA, a periplasmic metal-binding protein, reveals a closed conformation.
著者: Lee, Y.H. / Dorwart, M.R. / Hazlett, K.R. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. / Radolf, J.D. / Hasemann, C.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Treponema pallidum TroA is a periplasmic zinc-binding protein with a helical backbone
著者: Lee, Y.H. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. / Radolf, J.D. / Hasemann, C.A.
履歴
登録2001年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic zinc-binding protein troA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3561
ポリマ－30,3561
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.36, 38.35, 104.47
Angle α, β, γ (deg.)90, 104.11, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic zinc-binding protein troA / TROMP-1


分子量: 30355.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
遺伝子: troa / プラスミド: pProEx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P96116
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
20.2 Mammonium sulfate1reservoir
310 mM1,10-phenanthroline1reservoir
422.5 %PEG20001reservoir
510-20 mg/mlprotein1drop
610 mMHEPES-HCl1droppH7.4
710 mM1dropNaCl
810 mM1,10-phenanthroline1drop

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月10日 / 詳細: Osmic confocal
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 13646 / Num. obs: 13646 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 13646 / % possible all: 92.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1toa

1toa


解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure factor file for this entry has been removed from the archive because it was found to be incomplete.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.253 -random
Rwork0.208 --
all0.208 13646 -
obs-13646 -
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 0 28 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle1.831
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral24.05
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.831
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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