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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k0b | ||||||
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タイトル | Ure2p in Complex with Glutathione | ||||||
![]() | URE2 PROTEIN | ||||||
![]() | GENE REGULATION / Nitrate assimilation / Structural genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / protein urmylation / glutathione peroxidase / negative regulation of transcription by transcription factor localization / regulation of nitrogen utilization / glutathione peroxidase activity / nitrate assimilation / phosphoprotein binding / transcription corepressor activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bousset, L. / Belrhali, H. / Melki, R. / Morera, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the yeast prion Ure2p functional region in complex with glutathione and related compounds. 著者: Bousset, L. / Belrhali, H. / Melki, R. / Morera, S. #1: ![]() タイトル: Structure of the Globular Region of the Prion Protein Ure2 from the Yeast Saccharomyces cerevisiae 著者: Bousset, L. / Belrhali, H. / Janin, J. / Melki, R. / Morera, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 873 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 901.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29834.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: peg 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Bousset, L., (2001) Structure, 9, 39. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 38915 / Num. obs: 38915 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 5592 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 353357 / Rmerge(I) obs: 0.106 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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