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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzz | ||||||
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タイトル | Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 50S / 23S / 5S / Antibiotics / Roxithromycin / Peptidyl transferase center | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Schluenzen, F. / Zarivach, R. / Harms, J. / Bashan, A. / Tocilj, A. / Albrecht, R. / Yonath, A. / Franceschi, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Structural basis for the interaction of antibiotics with the peptidyl transferase centre in eubacteria. 著者: Schlunzen, F. / Zarivach, R. / Harms, J. / Bashan, A. / Tocilj, A. / Albrecht, R. / Yonath, A. / Franceschi, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jzz.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jzz.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 15805042 |
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-Ribosomal Protein ... , 3種, 3分子 KLM
#2: タンパク質 | 分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK1 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228 |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#5: 化合物 | ChemComp-ROX / |
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#6: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: ethanol, dimethylhexanediol, MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 148933 / Num. obs: 148933 / % possible obs: 64.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.87 Å / % possible all: 66.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66.8 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.8→50 Å / σ(F): 0 詳細: The coordinates of four chains of the 50s subunit and roxithromycin were deposited. The number of non-hydrogen atoms used in refinement is more than specified in REMARK 3: 26069 protein ...詳細: The coordinates of four chains of the 50s subunit and roxithromycin were deposited. The number of non-hydrogen atoms used in refinement is more than specified in REMARK 3: 26069 protein atoms, 62115 nucleic acid atoms, and 133 heterogen atoms were used in refinement.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS/REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.8 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.209 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |