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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jzv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a bulged RNA from the SL2 stem-loop of the HIV-1 psi-RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / A-bulge / A-RNA / HIV-1 SL2 | ||||||
機能・相同性 | RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Xiong, Y. / Sudarsanakumar, C. / Deng, J. / Pan, B. / Sundaralingam, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a Bulged RNA from the SL2 Stem-loop of the HIV-1 psi-RNA 著者: Xiong, Y. / Sudarsanakumar, C. / Deng, J. / Pan, M. / Sundaralingam, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jzv.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jzv.ent.gz | 21.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jzv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jzv_validation.pdf.gz | 397.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jzv_full_validation.pdf.gz | 397.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jzv_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jzv_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/1jzv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2660.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase phosphoramidite synthesis #2: RNA鎖 | 分子量: 2956.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 % | ||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MPD, magnesium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9195 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9195 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 19682 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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