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- PDB-1jyv: E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH ONPG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jyv
タイトルE. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH ONPG
要素Beta-Galactosidase
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL (ALPHA/BETA BARREL) / JELLY-ROLL BARREL / IMMUNOGLOBULIN / BETA SUPERSANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Juers, D.H. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: A Structural View of the Action of Escherichia Coli (Lacz) Beta-Galactosidase
著者: Juers, D.H. / Heightman, T.D. / Vasella, A. / McCarter, J.D. / Mackenzie, L. / Withers, S.G. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: High Resolution Structure of Beta-Galactosidase in a New Crystal Form Reveals Multiple Metal-Binding Sites and Provides a Structural Basis for Alpha-Complementation
著者: Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Structural Comparisons of Tim Barrel Proteins Suggest Functional and Evolutionary Relationships between Beta-Galactosidase and Other Glycohydrolases
著者: Juers, D.H. / Huber, R.E. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of Beta-Galactosidase from E. Coli
著者: Jacobson, R.H. / Zhang, X.J. / Dubose, R.F. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization of beta-galactosidase from Escherichia coli
著者: Jacobson, R.H. / Matthews, B.W.
履歴
登録2001年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Galactosidase
B: Beta-Galactosidase
C: Beta-Galactosidase
D: Beta-Galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,572152
ポリマ－466,0214
非ポリマー11,551148
水73,5194081
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47400 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area133230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.492, 167.455, 200.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-Galactosidase / E.C.3.2.1.23 / LACTASE / lacZ / beta-d-galactosidase


分子量: 116505.281 Da / 分子数: 4 / 変異: E537Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lacZ / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase
#4: 糖
ChemComp-145 / 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside / 1-O-[O-NITROPHENYL]-BETA-D-GALACTOPYRANOSE / 2-nitrophenyl beta-D-galactoside / 2-nitrophenyl D-galactoside / 2-nitrophenyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8
識別子タイププログラム
1-O-[O-nitrophenyl]-b-D-galactopyranoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 4221分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4081 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BIS-TRIS, PEG 8000, MGCL(2), NACL, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: used macroseeding, Juers, D.H., (2000) Protein Sci., 9, 1685.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMBis-Tris1droppH6.5
3200 mM1dropMgCl2
41 mMdithiothreitol1drop
55 mM1dropNaCl
610 %PEG80001reservoir
7100 mMbis-Tris1reservoirpH6.5
8200 mM1reservoirMgCl2
9100 mM1reservoirNaCl
1010 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.9 Å / Num. all: 491766 / Num. obs: 491766 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル最高解像度: 1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94
反射
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DP0

1dp0


解像度: 1.75→29.9 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 7151 1.5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all-491766 --
obs-491766 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET PRINCIPLE / Bsol: 218 Å2 / ksol: 0.86 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3 Å20 Å20 Å2
2--5.5 Å20 Å2
3----2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32512 0 629 4081 37222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017339811.3
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.83460131.7
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.5193120
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle15.82481
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0179161.7
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01948847
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.9336600.4
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0854155
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 1.5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0171.7
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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