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万見
- PDB-1jy9: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF DP-TT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jy9
タイトルMINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF DP-TT2
要素DP-TT2
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-hairpin
手法溶液NMR / NOE intensities were qualitatively assigned to be strong, medium, weak or very weak, and assigned constraints of 3, 4, 5, and 6 respectively; a total of 32 restraints were used for DP-TT2. Restraints were checked using "distance check" function within DYANA which showed there were no "lonely" or possibly misassigned NOEs which could unduly influence the final conformation. DYANA was used to generate 500 random structures, which were subsequently annealed. The best 10 structures (fewest restraint violations) were selected. This entry contains the minimized average structure.
データ登録者Stanger, H.E. / Syud, F.A. / Espinosa, J.F. / Giriat, I. / Muir, T. / Gellman, S.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Length-dependent stability and strand length limits in antiparallel beta -sheet secondary structure.
著者: Stanger, H.E. / Syud, F.A. / Espinosa, J.F. / Giriat, I. / Muir, T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2001年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details
Remark 999SEQUENCE RESIDUE 12 IN THE PEPTIDE IS ORNITHINE. FOR MODELLING, LYSINE WAS USED IN PLACE OF ...SEQUENCE RESIDUE 12 IN THE PEPTIDE IS ORNITHINE. FOR MODELLING, LYSINE WAS USED IN PLACE OF ORNITHINE FOR EASE OF CALCULATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DP-TT2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2421
ポリマ－2,2421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DP-TT2


分子量: 2241.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized by solid phase peptide synthesis.
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: ROESY to check for spin diffusion.

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試料調製

詳細内容: 1 mM peptide / 溶媒系: 9:1 H2O:D2O, 100 mM Acetic Acid
試料状態pH: 3.8 / 圧: ambient / 温度: 277 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANA1.5Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
DIANA1.5Guntert, Mumenthaler, Wuthrich精密化
精密化手法: NOE intensities were qualitatively assigned to be strong, medium, weak or very weak, and assigned constraints of 3, 4, 5, and 6 respectively; a total of 32 restraints were used for DP-TT2. ...手法: NOE intensities were qualitatively assigned to be strong, medium, weak or very weak, and assigned constraints of 3, 4, 5, and 6 respectively; a total of 32 restraints were used for DP-TT2. Restraints were checked using "distance check" function within DYANA which showed there were no "lonely" or possibly misassigned NOEs which could unduly influence the final conformation. DYANA was used to generate 500 random structures, which were subsequently annealed. The best 10 structures (fewest restraint violations) were selected. This entry contains the minimized average structure.
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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