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万見
- PDB-1jxs: Solution Structure of the DNA-Binding Domain of Interleukin Enhan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jxs
タイトルSolution Structure of the DNA-Binding Domain of Interleukin Enhancer Binding Factor
要素interleukin enhancer binding factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING DOMAIN / WINGED HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


canonical glycolysis / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / UCH proteinases / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...canonical glycolysis / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / UCH proteinases / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein K2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Hybrid distance geometry-dynamical simulated annealing method
データ登録者Chuang, W.J. / Liu, P.P. / Li, C. / Hsieh, Y.H. / Chen, S.W. / Chen, S.H. / Jeng, W.Y.
引用ジャーナル: PROTEINS: STRUCT.,FUNCT.,GENET. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of the DNA-binding domain of interleukin enhancer binding factor 1 (FOXK1a)
著者: Liu, P.P. / Chen, Y.C. / Li, C. / Hsieh, Y.H. / Chen, S.W. / Chen, S.H. / Jeng, W.Y. / Chuang, W.J.
履歴
登録2001年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: interleukin enhancer binding factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5621
ポリマ－11,5621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50all calculated structures submitted
代表モデルモデル #20fewest violations

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要素

#1: タンパク質 interleukin enhancer binding factor / ILF-1


分子量: 11562.141 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ILF-1 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01167

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
3433D 15N-separated NOESY
3533D 15N-separated NOESY
4643D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: HNCA, HN(CO)CA, HNCBCA, CBCA(CO)NH, HBHA(CBCA)NH, HBHA(CBCACO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mM ILF, 25mM phosphate buffer, 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
23mM ILF, 25mM phosphate buffer, 100mM NaCl100% D2O
33mM ILF U-15N, 25mM phosphate buffer, 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
42mM ILF U-15N, 13C, 25mM phosphate buffer, 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11256ambient 300 K
21256ambient 300 K
31256ambient 300 K
41256ambient 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.85精密化
AURELIA2.7.10Neidigデータ解析
XwinNMR2.6Bruker解析
精密化手法: Hybrid distance geometry-dynamical simulated annealing method
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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