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- PDB-1jxm: CRYSTAL STRUCTURE OF THE GMP BOUND SH3-HOOK-GK FRAGMENT OF PSD-95 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1jxm | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE GMP BOUND SH3-HOOK-GK FRAGMENT OF PSD-95 | ||||||
![]() | POSTSYNAPTIC DENSITY PROTEIN![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tavares, G.A. / Panepucci, E.H. / Brunger, A.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterization of the intramolecular interaction between the SH3 and guanylate kinase domains of PSD-95. Authors: Tavares, G.A. / Panepucci, E.H. / Brunger, A.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 69.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 49.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 34812.996 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: SH3-HOOK-GK Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-5GP / ![]() | ||||
#3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.7 Details: 2-methyl-2,4-pentanediol, HEPES buffer, guanidine, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2→22.72 Å / Num. all: 26060 / Num. obs: 25218 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.042 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 7 % / Num. unique all: 1263 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 98.8 | ||||||||||||||||||
Reflection | *PLUS Num. obs: 26060 / % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.042 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 61.4218 Å2 / ksol: 0.405815 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→22.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: CNS / Version: 1.1 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS Biso mean: 37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.285 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.245 |