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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jxm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE GMP BOUND SH3-HOOK-GK FRAGMENT OF PSD-95 | ||||||
要素 | POSTSYNAPTIC DENSITY PROTEIN | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / MAGUK / postsynaptic density / SH3 domain (SH3ドメイン) / guanylate kinase domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / receptor localization to synapse ...RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / cerebellar mossy fiber / cellular response to potassium ion / protein localization to synapse / vocalization behavior / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / neuron spine / 樹状突起 / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / AMPA glutamate receptor clustering / juxtaparanode region of axon / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / dendritic spine morphogenesis / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / neuron projection terminus / dendritic spine organization / acetylcholine receptor binding / positive regulation of synapse assembly / RAF/MAP kinase cascade / Synaptic adhesion-like molecules / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / beta-2 adrenergic receptor binding / cortical cytoskeleton / regulation of neuronal synaptic plasticity / locomotory exploration behavior / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / kinesin binding / AMPA glutamate receptor complex / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / D1 dopamine receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / PDZ domain binding / cell periphery / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / 細胞接着 / cerebral cortex development / kinase binding / cell-cell junction / シナプス小胞 / 細胞結合 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / postsynapse / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / protein-containing complex assembly / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / signaling receptor binding / 樹状突起 / シナプス / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / 小胞体 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Tavares, G.A. / Panepucci, E.H. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2001 タイトル: Structural characterization of the intramolecular interaction between the SH3 and guanylate kinase domains of PSD-95. 著者: Tavares, G.A. / Panepucci, E.H. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jxm.cif.gz | 69.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jxm.ent.gz | 49.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jxm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34812.996 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3-HOOK-GK / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: PSD-95 / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3* / 参照: UniProt: P31016 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-5GP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol, HEPES buffer, guanidine, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→22.72 Å / Num. all: 26060 / Num. obs: 25218 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.042 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique all: 1263 / Rsym value: 0.135 / % possible all: 98.8 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 26060 / % possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.042 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→22.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2161953.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.4218 Å2 / ksol: 0.405815 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→22.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree: 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.285 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.245 |