PDB-1jx7: Crystal structure of ychN protein from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jx7

タイトル

Crystal structure of ychN protein from E.coli

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NEW FOLD / HEXAMER / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center

機能・相同性

機能・相同性情報

protein hexamerization / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Shin, D.H. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a conserved hypothetical protein from Escherichia coli
著者: Shin, D.H. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H.

履歴

登録	2001年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jx7.cif.gz	139.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jx7.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jx7_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jx7_full_validation.pdf.gz	500.3 KB	表示
XML形式データ	1jx7_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	1jx7_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/1jx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6p08-d 6l5y-d 6p06-d 2zlx-2 1rq4-d 2m6z-d 6ihx-d 7jy1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BSGCAIR30513

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

B: HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

C: HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

D: HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

E: HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

F: HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN

77.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.210, 80.460, 140.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN YCHN 分子量: 12843.372 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB52
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: AMS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K

結晶化

*PLUS

温度: 21.5-22.5 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	250 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.2
3	150 mM		1	drop		NaCl
4	2.4 M	ammonium phosphate	1	drop
5	0.1 M	citric acid	1	drop	pH5.5
6	2.4 M	ammonium phosphate	1	reservoir
7	0.1 M	citric acid	1	reservoir	pH5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97949, 0.97926, 0.99999

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月9日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97949	1
2	0.97926	1
3	0.99999	1

反射

解像度: 2.8→70.1 Å / Num. all: 20429 / Num. obs: 20429 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 19.5 Å²

反射

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 35268 / 冗長度: 3.07 % / R_merge(I) obs: 0.106

反射シェル

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.85 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.93 % / Num. unique obs: 1756 / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.98 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1784518.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	1806	10 %	RANDOM
R_work	0.229	-	-	-
all	0.208	18148	-	-
obs	0.229	18148	95.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 29.0957 Å² / k_sol: 0.35654 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.97 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.42 Å	0.35 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.46 Å	0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5334	0	0	86	5420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.83
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	4.95	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	8.01	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	6.33	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	9.45	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.97 Å / R_factor R_free error: 0.019 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	302	9.9 %
R_work	0.298	2762	-
obs	-	-	97.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor all: 0.208 / R_factor obs: 0.229 / R_factor R_free: 0.249 / R_factor R_work: 0.208

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.97
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.83

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.336 / R_factor R_work: 0.298

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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